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作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件;在事件页签,可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业,则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业,鼠标指向作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。同时,使用
参数是否必须,取值[true,false] concurrent: vars_iter # 是否并发,取值 vars_iter 时为开启并发状态,不设置则不开启 description: '' # 参数描述。取值范围:[0-255]
子任务实例名称 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 task_index 否 String 子任务的并发序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128 from_time 否 Long 查询监控数据起始时间,UNIX时间戳,单位毫秒,不填时默认为当前时间
最大长度:255 required Boolean 参数是否必须 concurrent String 参数是否开启并发。当前支持vars_iter并发类型,不填表示未开启并发。 type String 参数类型。取值:[STRING,FILE,DIRECTORY,ENUM] pattern
201 表5 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 模型id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建模型,模型名称为model_name,类型为二分型,上传项目桶中file/test.csv的模型数据,打开共享开关。
参数是否必须,取值[true,false] concurrent: vars_iter # 是否并发,取值 vars_iter 时为开启并发状态,不设置则不开启 description: '' # 参数描述。取值范围:[0-255]
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
最大长度:255 required Boolean 参数是否必须 concurrent String 参数是否开启并发。当前支持vars_iter并发类型,不填表示未开启并发。 type String 参数类型。取值:[STRING,FILE,DIRECTORY,ENUM] pattern
201 表5 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子搜索作业,作业名称为demo-job,分子SMILES表达式为string,从数据库中找到最相似top100的分子。
201 表6 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子合成路径规划作业,作业名称为demo-job。 https://{endpoint}/v1/{project_id
子任务名称 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 task_index 否 String 子任务的并发序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前,请先参考上传数据,上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 数据上传完成后,在流程设计器页面,分别单击应用参数左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。
201 表7 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子属性预测作业,作业名称为demo-job,分子文件为project:/dir/file,属性模型为id为baabc
201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建CPI作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file, 配体文件为project:/dir/file。
表10 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子对接作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,口袋中心位置的值为[0,0,0],口袋尺寸大小为[10
201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建靶点口袋发现作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,时间步长为0.001ps
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
表11 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建靶点口袋发现作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,小分子片段文件为proj
表11 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建靶点优化作业,作业名称为demo-job,受体文件为project:/dir/file,配体文件为project:/d