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盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型
附录 状态码 错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 错误码(AI辅助药物设计) 获取项目ID 配置OBS访问权限
/v1/{project_id}/quotas 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。
据。 手动输入:输入小分子SMILES表达式。最多支持输入1000行,每行最多输入512个字符,SMILES不支持输入空格或者中文。 选择基模型:选择基模型,此参数只有专业版支持。基模型列表见AI建模。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。 图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 话单延迟导致欠费 当前华为云账单都会有一定的延迟计费,延迟时间在1小时
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。
话单延迟导致欠费 当前华为云账单都会有一定的延迟计费,延迟时间在1小时左右,故需要提前预留1小时以上的费用来删除平台,以防欠费。 若您是利用优惠券购买平台,则需注意,欠费则不能用优惠券补充。 父主题: 计费
合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用Fa
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型,目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据,对盘古药物分子大模型进行微调,进行属性预测和迭代活性优化,实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据,对盘古药物分子大模型进行增量预训练,提升化合物表征精度。
数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为
进入医疗智能体“总览”页面,单击“购买平台”。 图3 购买平台 购买盘古辅助制药平台。 图4 购买盘古辅助制药 区域:请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。不同区域云服务产品之间内网互不相通。 平台规格:选择“盘古辅助制药平台”基础版或者专业版。 平台计费方式:选择“包年包月”或“按需”计费。
AI基因组研究 父主题: 图解医疗智能体
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
的数据库,可以执行删除和追加数据操作。数据库状态介绍如下: 可用:数据库正常,可以进行分子搜索使用。 等待中:数据库创建任务正在等待。 创建失败:数据库创建失败。 创建中:数据库正在创建。 追加中:数据库正在追加,此时数据库可以正常使用,搜索的数据库是正在追加过程的数据库。 异常
盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。