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本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI(以版本3.0.0rc6为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root 用户。 $ sudo su 执行以下命令,防止系统超时退出。
弹性云服务器场景支持使用的MPI HPC当前支持的MPI包括: 驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 以下小节的内容详细介绍了MPI的安装与使用,您可以根据需要选择合适的MPI进行安装。 父主题: 安装和使用MPI
计算资源配置:HPC-S²支持计算资源的多种配置管理,包括集群管理、节点管理、扩容集群节点及资源状态查看等。 HPC-S²使用限制 HPC解决方案服务当前只支持“华北-北京一”、“华北-北京四”、“华南-广州”区域,推荐使用“华北-北京四”,其他区域暂不支持。 集群部署仅支持slurm和sge两种调度器。
鲲鹏裸金属服务器支持使用的MPI HPC当前支持的MPI包括: 驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI MPICH 以下小节的内容详细介绍了MPI的安装与使用,您可以根据需要选择合适的MPI进行安装。 父主题: 安装和使用MPI(鲲鹏BMS场景)
下载地址:https://developer.nvidia.com/networking/hpc-x 安装HPC-X工具套件。 将1中下载的HPC-X压缩包上传至运行MPI的弹性云服务器内。 执行以下命令,解压HPC-X工具套件。 $ tar xvf hpcx-v2.0.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4
STAR-CCM+部署HPC集群流程图 本文档介绍如何通过仿真软件STAR-CCM+部署HPC集群,流程如图1所示。 图1 基于STAR-CCM+部署HPC集群流程图 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
com/networking/hpc-x 将下载的软件包拷贝到BMS内(建议在“/home/rhel”目录下)。 执行以下命令,解压HPC-X工具套件,并修改HPC-X工具套件目录。 # tar -xvf hpcx-v2.2.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4.3-1.0.1.0-redhat7
安装和使用Spectrum MPI 操作场景 本节指导用户在BMS集群上安装和使用Spectrum MPI应用(以版本10.01.01为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 背景信息 IBM Spectrum MPI v10.1版本当前支持的操作系统列表如下: IBM
LAMMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。 yum install gcc-gfortran gcc-c++
创建弹性云服务器 弹性云服务器C6h实例介绍 C6h实例为弹性云服务器下的一款裸金属产品,相比于普通的裸金属产品,C6h实例除了提供标准的以太网卡,还提供了一个支持RoCE协议的网卡,而RoCE协议相比于普通的以太协议最大的优势在于时延极低,特别适合HPC场景低时延业务。 购买弹性云服务器
mca"同时使用,报错如下图所示。 解决方案: 1.请参照STAR-CCM+安装与运行章节的命令,在OpenMPI场景下不要使用"-x"命令行,使用"--mca"参数。 Platform MPI场景下使用"-x"参数,OpenMPI场景下使用"--mca"参数。 2.若以上方法无法解决,请联系技术支持进行处理。
H2型、HI3型弹性云服务器使用带宽100Gb/s的IB网卡,更多关于H2型、HI3型弹性云服务器的使用方法与介绍,请参见《弹性云服务器用户指南》的“产品介绍 > 实例和应用场景”章节。 控制台方式 登录管理控制台。 选择“计算 > 弹性云服务器”。 进入弹性云服务器信息页面。 单击
高性能计算解决方案适用于基因测序,工业仿真等高性能计算场景,您根据实际计算需求购买HPC集群。 本节操作介绍创建HPC集群的方式,以及创建流程,引导您一站式完成集群的创建、配置,并在HPC-S²上完成高性能计算作业。 部署方式简介 购买高性能计算解决方案:根据实际计算需求购买HPC集群,可以在购买时同时指定管理节点配置与计算节点配置。
规则的配置会影响弹性云服务器的正常访问与使用。 为确保集群能正常创建/部署,需保证安全组规则22端口开放,具体配置方法请参见:为安全组添加安全组规则。 一站式HPC服务使用弹性文件服务SFS作为文件共享存储,更多关于弹性文件系统的信息,请参见《弹性文件服务用户指南》。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。
规格:公有云提供了多种类型的弹性云服务器供您选择,单击下拉框查看支持的云服务器规格。 系统盘:根据所需要的选择磁盘类型和大小。 选择云服务器类型前,请认真阅读各种类型云服务器的介绍和注意事项。具体内容请参见实例类型。 选择“计算节点配置”。 规格:公有云提供了多种类型的弹性云服务器供您选择,单击下拉框查看支持的云服务器规格。
该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行Spectrum MPI应用(IBM Spectrum MPI v10.1)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登
RoCE RoCE概念 RDMA over Converged Ethernet (RoCE)是一种网络协议,允许应用通过以太网实现远程内存访问。目前RoCE有两个协议版本,v1和v2。其中RoCE v1是一种链路层协议,允许在同一个广播域下的任意两台主机直接访问。而RoCE v
RDMA RDMA概念 远程直接内存访问(即Remote Direct Memory Access)是一种直接内存访问技术,它将数据直接从一台计算机的内存传输到另一台计算机,无需尤其是面对高性能计算HPC、大数据分析和浪涌型IO高并发、低时延应用,现有TCP/IP软硬件架构和应用