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小到大进行排序,用户也可在此页面直观查看各分子的多种药化性质。 结果页面支持对生成分子进行查看详情、查看3D结构、下游分析(分子优化及合成路径分析)、与原始分子属性对比(仅支持片段优化的属性对比)、查看分子与靶点的2D相互作用、下载2D相互作用图片,下载3D分子结构、收藏结果等多项功能。
txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为.txt。 相对路径:流程运行完成后,会按照流程子任务的名称生成数据文件,相对路径指按照哪个数据路径中的结果文件生成数据库。 对于“Docking Summary”流程,包含5个子任务,默认在task-5-docking
create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name -n 是 流程名称。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
[params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels -l 否 流程标签列表,用"
running finished failed task_data SearchTaskData object 分子搜索任务的请求体 result SearchResult object 分子搜索任务的返回结果 表4 SearchTaskData 参数 参数类型 描述 smiles
F和PDB格式,复合物只支持PDB格式。 单击可以收藏结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 分子优化对应的下游分析为分子优化、分子搜索和合成路径规划,如果分子设置了靶点,可以选择自由能微扰进行下游分析,通过单击“下游分析”可以进行创建。 如果分子设置了靶点,可以单击“下载3D”下载
value_range 否 ValueRange object 属性有效值域区间 optimal_range 否 ValueRange object 属性最优值域区间 warning_range 否 ValueRange object 属性欠佳值域区间 style 否 String
最大长度:256 value_range ValueRange object 属性有效值域区间 optimal_range ValueRange object 属性最优值域区间 warning_range ValueRange object 属性欠佳值域区间 style String 模型参数呈现类型
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题: 功能模块
API(AI辅助药物设计) 分子生成(MG) 分子优化(MO) 靶点化合物结合预测(CPI) 分子属性预测(MPP) 分子搜索(MS) 分子合成路径规划任务(MSP) 自定义属性任务(MCP)
16],memory规格默认2G,范围[2,512]。 --storage-path -s 是 notebook存储路径。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 格式为ProjectName:/path,多个路径用分号(;)隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
最大长度:256 value_range ValueRange object 属性有效值域区间 optimal_range ValueRange object 属性最优值域区间 warning_range ValueRange object 属性欠佳值域区间 style String 模型参数呈现类型
最小长度:0 最大长度:256 value_range 否 表10 object 属性有效值域区间 optimal_range 否 表10 object 属性最优值域区间 warning_range 否 表10 object 属性欠佳值域区间 style 否 String 模型参数呈现类型
API(盘古辅助制药平台) CSS集群管理 药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI作业管理
作业管理 获取作业列表 启动作业 获取作业详情 删除作业 更新作业 获取作业事件 获取作业日志 获取子任务启动事件 获取子任务实例信息 获取子任务中实例的事件 获取子任务中实例的pod信息 获取子任务中实例的资源监控数据 重试作业 取消或强制停止作业调度 批量取消作业 批量重试作业
value_range 否 ValueRange object 属性有效值域区间 optimal_range 否 ValueRange object 属性最优值域区间 warning_range 否 ValueRange object 属性欠佳值域区间 style 否 String
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1 retry
账号 如何进行实名认证
项目审计管理 创建项目 获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理