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由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将
主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过设置复合主键将数据表中的多个数据设置为唯一,主键至多设置10个。 允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时,可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息,给出数据库中可进行查询的数据,可查询至多设置10个。 描述 当参数设置为可查询时,可以添加描述信息。
工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。
Notebook的简要描述。 镜像类型 选择自定义镜像。 工作环境 选择已上传的自定义镜像。 CPU 设置CPU大小。 GPU 设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
指定的资源节点上,标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图5 FastQC命令 填写所需的输入参数。 图6 输入参数 填写所需的输出参数。 因镜像启动命令中指定了输出参数,设置输出参数时,需勾选“必
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。 选择好文件后,通过设置数据的分隔符、跳过的行数来设置有效数据的起始位置。 常见的分隔符有“;”、“,”、“\t”,除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例,分隔符为制表符,创
--obs-endpoint -o 是 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1
项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用
邮箱连通性测试 功能介绍 邮箱连通性测试 URI POST /v1/{project_id}/messages/email-connection-test 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在
点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无
\ && apt-get install -y default-jre perl wget zip # 下载FastQC,解压缩,设置FastQC可执行权限 RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0
点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无
用户名、账号名和项目name。 scope参数定义了Token的作用域,下面示例中获取的Token仅能访问project下的资源。您还可以设置Token的作用域为某个账号下所有资源或账号的某个project下的资源,详细定义请参见获取用户Token。 POST https://iam
点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无
选择的属性包含在我们所设置的参数设置区间内。“最大化”指的是我们所设置的属性越大越好,而不只是限定在某区间内,当我们无法判断属性应该设置在什么区间,但是属性越高,成药性越好,可以设置属性设置条件为最大化,这个只能在弱约束里面进行设置。“最小化”指的是所设置的属性越小越好,与最大化相反,也是只能在弱约束里面进行设置。
联系管理员。 节点数上限 设置自动扩容的节点数上限。 取值范围为0-50。 节点数下限 设置自动扩容的节点数下限。 取值范围为0-50。 CPU执行规则 设置CPU自动扩容的条件。 启用规则:默认开启。 触发条件:设置CPU分配率达到的条件,当满足设置的条件时进行自动扩容。取值范围:1-100。默认值:80。
选择的属性包含在我们所设置的参数设置区间内。“最大化”指的是我们所设置的属性越大越好,而不只是限定在某区间内,当我们无法判断属性应该设置在什么区间,但是属性越高,成药性越好,可以设置属性设置条件为最大化,这个只能在弱约束里面进行设置。“最小化”指的是所设置的属性越小越好,与最大化相反,也是只能在弱约束里面进行设置。
--obs-endpoint -o 否 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1