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数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
test # 返回结果如下 create archive h-test2 successfully! Linux和macOS使用时,多个路径使用;进行分隔,整个路径使用''引起。例如: ./health create archive lmx-test-cli --path 'newjob/;output/'
project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete project demo-project
TaskResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24
resources 否 TaskResourceDto object 应用申请资源 io_acc_type 否 String 子任务使用的IO加速实例类型,不填表示不使用; 最小长度:0 最大长度:128 表5 TaskParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照FastQC的调用命令设置参数和镜像启动命令。 图1 FastQC命令
功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月
kit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 上传数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。 列举路径中的文件夹对象时,需使用/xxx/格式,如示例中的/src/。 列举本地路径中的文件夹对象时,需要使用路径/文件名或路径\文件名格式,如示例中的D:\local。
'0.1C' # cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 memory:
目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用命令行工具,用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如,使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。
删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试:可对执行失败的任务从失败位置进行重试。 图1 数据作业 复制数据 在“数据”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。
是否必选 参数类型 描述 smiles 是 String 分子SMILES表达式 databases 是 Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n 否 Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 响应参数 无 请求示例
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
文件的最后修改时间不一致。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 下载数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。例如,使用health switch project test命令进入到名为test的项目中。
duration Long 总时间 realtime Long 实际运行时间 cpu_percent Double cpu使用率 mem_percent Double 内存使用率 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "count" : 1, "tasks" : [ {
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
0条,文件不大于5MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的模型做分析。 默认为关闭。 单击“确定”。 每人最多可以创建100个模型,每次使用模型时,最多可以使用10个。 查看模型列表 在AI模型页签下支持查看创建的所有模型。
Insufficient cpu 或者 XXX Insufficient memory。该场景表示当前集群中无充足的计算资源,可以根据实际需要提前结束掉其他作业或notebook来释放资源,也可以进入系统资源页面购买新节点。 0/4 nodes are available: XXX node(s)
SearchTaskData 参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 表5 SearchResult