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查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
AK/SK是什么?如何获取AK/SK? AK/SK(Access Key ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。
快照方式制作镜像示例: 本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器,并进入容器。
如何将Notebook中的数据下载至本地? 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
应用的参数和镜像启动命令如何设置? 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照F
环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
是否平衡电荷。 缺省值:true water_model String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field String 蛋白立场,支持选择amber03, amber94, amber96,
针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息,支持模糊查找。 --type -t
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 server String 服务器地址 subject_prefix String 展示名 user_name String 用户名 email String 邮箱 language
终端节点 终端节点(Endpoint)即调用API的请求地址,不同服务不同区域的终端节点不同,您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示,药物设计、临床研究的终端节点如表2所示,请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点(医疗智能体平台API)
"description" : "description", "nullable" : false, "primary" : true, "searchable" : true, "unique" : true, "tips" : "tips"
ken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 subject_prefix 否 String 展示名 最小长度:0 最大长度:128 user_name
conda activate py37 生成Notebook kernel。 conda install -n py37 ipykernel python -m ipykernel install --user --name py37 --display-name "conda_py37"