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应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
统计消息信息 获取用户邮件配置 设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题： 系统管理
py37 pandas 安装完成后，返回Notebook,然后使用新软件包。 参考信息 如何修复 “conda: command not found”? 当terminal第二次打开时，环境变量将被清理，因此我们需要再次初始化Anaconda配置。 export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH
系统管理 计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题： API（医疗智能体平台）
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
删除的文件或文件夹，然后单击上方的红色删除按钮，即可删除选中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后，需单击右上角的刷新按钮刷新页面，清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。
予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN 消息清理。消息中心的消息总和超过设置值时，进行消息清理。 表3 执行状态说明 执行状态 说明 SUCCEED 执行成功。 FAILED 执行失败。 PROCESSING 数据删除、导入等操作正在处理中。
扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下： 统一身份认证（IAM） 容器镜像服务（SWR） 对象存储服务（OBS） 关于如何查看配额，如何申请扩大配额，请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
医疗智能体平台提供了REST（Representational State Transfer）风格API，支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题： 使用前必读
接收类型 数据操作：数据的复制、删除、导入等异步操作通知。 作业进度：分析作业开始执行、执行成功通知。 系统消息：项目删除、内存使用量告警、消息清理通知。 图3 消息通知 邮箱中接收到的消息通知如图4所示。 图4 邮箱消息通知 父主题： 系统设置
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
初始化配置命令会在history中暴露ak、sk，建议使用set +o history命令关闭history再执行。执行后可使用set -o history命令恢复。 清理命令记录 为防止配置文件中的敏感信息泄露，建议使用health config clear命令定时清除本地配置文件。 对于执行的历史命令，可通过以下方法清除。
步骤1：下载eihealth-toolkit 步骤2：安装eihealth-toolkit 步骤3：初始化配置 步骤4：上传数据 步骤5：下载数据 清理历史命令 前提条件 获取认证信息（AK/SK，区域名称，平台ID）。 步骤1：下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统，ei
IO加速：IO加速使用弹性文件服务（SFS）提供高性能的数据读写，作业运行时，会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率，作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health
在创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像。同时，您也可以使用自定义镜像，创建Notebook，满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook（在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel），详细步骤如下所示： 步骤1：安装容器引擎 步骤2：获取Notebook基础镜像
IO加速：IO加速使用弹性文件服务（SFS）提供高性能的数据读写，作业运行时，会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率，作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地
提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何通过循环读取输入数据，批量运行NGS。同时，您也可以参考本示例，将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要
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