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基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
NotebookToolDto 参数 参数类型 描述 display_name String 显示名称 profile String 系统镜像名 枚举值： PY3 请求示例 获取notebook工作环境 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
并发选项即可，则不会出现本问题场景。 图16 开启并发 若不涉及并发，则优先排查镜像启动命令设置是否合理、是否确实需要复制路径存在包含关系的多个文件或目录。若不存在相关场景，根据实际业务需求，修改镜像启动命令即可。 若确实存在路径需要包含多个文件或目录，可参考如下方案解决。 以下
EIHealth终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否
进行评估，判断可靠程度，通过质控、比对、变异检测等步骤，最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤，涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant Calling Based On NGS”流程。该案例
projects: {0}. 请等待其他项目使用完毕再删除该镜像。 400 eihealth.01020021 Subscribed images cannot be updated or imported. 请检查镜像ID是否正确。 400 eihealth.01020024 Virtual
钥）。 区域（Region） 从地理位置和网络时延维度划分，同一个Region内共享弹性计算、块存储、对象存储、VPC网络、弹性公网IP、镜像等公共服务。Region分为通用Region和专属Region，通用Region指面向公共租户提供通用云服务的Region；专属Regio
EIHealth终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式： 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”，获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否
系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组，以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理，项目级用户不同角色对应的权限请参考成员角色和权限。 图1 系统级别用户管理
标签 - labelA - labelB image: 'xxxx' # 必选 # 镜像地址 commands: # 必选 # 命令列表 - xxx resources:
应用短描述 description String 应用描述 labels Array of strings 应用标签 image String 应用镜像 commands Array of strings 应用命令 resources ResourceDto object 应用申请资源 inputs
labelA - labelB image: 'gwj-test-01/busybox:latest' # docker镜像地址取值范围[1-255]，不能包含中文字符，格式为{project-name}/{image-repo}:{image-tag}
空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings
空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings
app_summary String 应用简述 app_description String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array
app_summary String 应用简述 app_description String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array
app_summary String 应用简述 app_description String 应用描述 app_image String 应用镜像 app_commands Array of strings 任务使用到的应用自带的命令信息 app_input_parameters Array
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式，您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证：通过Token认证通用请求。 AK/SK认证：通过AK（Access Key ID）/SK（Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时，需
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