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URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图5 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图6 执行命令 父主题: 开发环境(Notebook)
activate py37 conda install -n py37 pandas 安装完成后,返回Notebook,然后使用新软件包。 参考信息 如何修复 “conda: command not found”? 当terminal第二次打开时,环境变量将被清理,因此我们需要再次初始化Anaconda配置。
检查输入url是否正确。 400 eihealth.03001002 invalid task data 根据错误详细信息中提供的信息检查任务数据。 父主题: 附录
URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中,以列表形式展示了项目中的流
"obs:bucket:GetBucketLocation", "obs:bucket:ListBucketMultipartUploads", "obs:object:GetObjectVersion"
步骤5:获取分析结果 在“作业”列表中,可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径,可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览,zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题: 运行作业
--obs-endpoint -o 否 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、
或者单击右上角“更多”,进入购买存储套餐包页面进行购买。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
最小长度:1 最大长度:512 formula String 配体分子的化学式。 最小长度:1 最大长度:128 is_3d Boolean 标识原始数据是否为3D。 structure LigandStructureDto object 配体3D结构。 reason String 解析失败的理由。
用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理,项目级用户不同角色对应的权限请参考成员角色和权限。
其中Notebook启动用户为health-user,流程作业默认启动用户为root。 平台提供了必要的加固措施以保证容器安全、隔离性及数据安全,但由于容器技术本身的限制,仍可能存在容器逃逸等问题,进而导致越权访问。 为避免此类问题发生,请您确保上传镜像来源的合法性、有效性,禁止上传未知来源、恶意程序等非法镜像。
表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping
标签:设置作业标签。 功能调用次数:合成路径规划目前是一个运行成功得作业消耗一次功能调用次数。 图1 分子合成路径 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。
应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
修改已完成作业的保留数目 health edit retention completed-jobs --number 10000 # 执行成功返回结果如下 set the retention of completed-jobs successfully! 父主题: 系统设置命令
选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规划路径,选择参考配体后系统自动计算,用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“下一步”,选择配体对。 页面显示:正在规划自动路径,您也可以直接选择配体对后进行下一步。 待计算路径:选择待