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NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。 在“作业中心”页面,单击作业操作列的“克隆”。 在作业详情页面修改对应的参数信息。 参数确认无误后,单击“提交”按钮。 父主题: 作业管理
参数配置的不合理导致的作业执行失败。 解决方法 选择运行失败的分析作业,单击操作列“更多>重试”。 在弹出的提示框中选择“更改参数”。 图6 更改参数 在作业配置页面,修改相关参数后,单击页面右上角的“重试作业”。 图7 重试作业 场景5 并发投递多个作业后,部分作业运行失败,日志中显示IO读写相关错误。
标桶中对应路径的目标对象,仅在目标对象不存在,或者目标对象大小与源对象大小不一致,或者目标对象的最后修改时间早于源对象的最后修改时间时进行移动。 如果目标对象与源对象大小以及修改时间都一致,此时会直接删除源对象,而不进行移动操作。 --parallel -p 否 每个分段移动任务
'project_name/genomeagent:1.0.1',该参数需要根据订阅的genomeagent修改,为 'image': '源项目名/镜像名:版本号' # 【可选】 # 根据情况修改resources下的参数(例如cpu、memory和gpu) # 其余参数无须改动
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
health文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 清空配置请执行health
对于状态为“失败”或者“已取消”的作业,可以选择重试。单击对应作业操作列“更多>重试”,根据提示对话框,选择“立即重试”或者“更改参数”。 如果选择“更改参数”,系统会跳转至作业参数配置页面,进行修改后,单击“重试作业”。 搜索 普通搜索 在作业管理页面,右上角搜索框中输入作业名称,单击按钮进行搜索。 图3
节点伸缩策略 也可以通过单击某个策略操作列的“编辑”或者“删除”,对已有的策略进行修改或者删除操作。如果删除,则会同步删除节点。如果编辑,不支持修改可用区、节点规格、系统盘和数据盘,其他参数均可修改。 单击某个策略操作列的“事件”,查看该策略的事件信息。事件保存时间为30天,30天后自动清除数据,查询时间最多15天。
)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时,流程版本不支持修改。 最小长度:1 最大长度:24
)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时,流程版本不支持修改。 最小长度:1 最大长度:24
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。
d000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。 使用“*-time2”,代表匹配最后修改时间在time2之前的所有文件,使用“time1-*”,代表匹配最后修改时间time1之后的所有文件。 该匹配模式表示的时间是UTC时间。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
ParseException: Unparseable date,请提交工单或联系服务技术支持。 execution log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。
3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么?如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像? 更多 远程登录 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1:对应用进行分析
发布流程的名称。名称长度为1-56,只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和流程名称相同。发布成功的流程不支持修改展示名称。 版本 发布流程的版本。 版本长度必须为1-24个字符,以字母或数字开头(多个字符可以连续),中间只能包含-.特殊符号(多个特殊符号不能连续),以字母或数字结尾。
d000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。 使用“*-time2”,代表匹配最后修改时间在time2之前的所有文件,使用“time1-*”,代表匹配最后修改时间time1之后的所有文件。 该匹配模式表示的时间是UTC时间。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。
条件越靠前则初始权重越大。 输出个数:选择输出个数,目前支持500、1000、5000。输出个数越多,任务时间越长。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。