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请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时,流程中的每一个应用称之为一个任务(Task),通过循环读取Task的输入数据,可以实现作业的批量执行。 例如,您可以在本地创建.bat格式的批处理文件,执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
清理本地记录的上传文件 上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步,使两边内容保持一致。 增量:依次比较源文件和目标对象,只上传存在变化的源文件。 同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health download
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
Failed 未满足前提条件,服务器未满足请求者在请求中设置的其中一个前提条件。 413 Request Entity Too Large 由于请求的实体过大,服务器无法处理,因此拒绝请求。为防止客户端的连续请求,服务器可能会关闭连接。如果只是服务器暂时无法处理,则会包含一个Retry-After的响应信息。
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
如何调用API 开通服务 构造请求 认证鉴权 返回结果
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“开通服务”按钮置灰,说明您尚未认证,请先实名认证。 服务声明 医疗智能体服务声明,将为您介绍在使用华为云医疗智能体服务时所享有的权利、履行的义务和责任。 父主题: 如何调用API
行签名。详细的签名方法和SDK使用方法请参见API签名指南。 签名SDK只提供签名功能,与服务提供的SDK不同,使用时请注意。 父主题: 如何调用API
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
如何使用Notebook的Terminal功能? 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal
如何在Notebook中安装外部库? 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据中心”页面下载数据至本地。 在“数据中心”页面,下载数据至本地。 选择待下载的数据,单击“操作”列“下载”即可。 或者单击“操作”列“下载为”,然后单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
推荐扫码认证(即时完成认证) 请参见如何进行扫码认证。 银行卡认证(即时完成认证) 请参见如何进行银行卡认证。 证件认证(1-3个工作日) 请参见如何进行证件认证。 企业账号 推荐银行对公账户认证(最快30分钟) 请参见如何进行企业银行对公账户打款认证。 企业证件认证(0-3个工作日) 请参见如何进行企业证件认证。