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chattri -p /path/1/ -d deny chattri /path/1/ deny is successful 父主题: 数据管理命令
gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据的路径,例如引用了gene-assent项目中的DataSet数据,使用health cd命令切换到该路径,并使用health ls名称查看详细数据。 当由引用数据的路径,切换到自己项目数据时,需指明具体的路径。 health cd
多个地区建立数据中心,提供服务。 医疗智能体服务部署在华北-北京四,区域名称为cn-north-4;部署在华东-上海一,区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。
初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 快速入门 关键概念 使用流程 初始化数据盘 什么是ECS 创建容器应用基本流程 05 实践 基于EIHealth平台,搭建NGS流程,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
txt;projectname:/test3.txt" } } --output_dir -o 否 输出路径(EIHealth平台数据路径)。可自定义。不指定时,按照“作业名称+UUID”格式自动生成存放输出结果的目录。输出路径只能以/开头,不能以/结尾。 --timeout
archive-region cn-north-7 # 返回结果如下 update archive region successfully! 父主题: 数据管理命令
若当前所在目录为src2,新增子目录dataset。 health mkdir dataset # 创建成功不进行提示,可以使用health ls命令查看目录 父主题: 数据管理命令
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB、PDBQT格式。 图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为
MB),且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问(平均一年访问一次)数据的业务场景,例如:数据归档、长期备份等场景。归档存储安全、持久且成本极低,可以用来替代磁带库。为了保持成本低廉,数据取回时间可能长达数分钟到数小时不等。
___________________] ?% tps:0.00 0/0 236ms Warn: No task to run 父主题: 数据管理命令
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意: 如果为引用数据,必须要使用绝对路径(文件夹最后要加/)。未引用的数据不能查看。 --bf -b 附加参数,可选 设置是否以人方便阅读方式输出结果。取值包括:human-readable、raw。
标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置作业分类,可以在系统标签管理中添加、删除标签。 添加标签 在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。
pwd # 若在本项目目录下,返回结果如下 /src2/ # 若在引用项目目录下,返回结果如下 project_b:/src2/ 父主题: 数据管理命令
clear -u # 返回结果如下 delete the upload dir for checkpoint successfully! 父主题: 数据管理命令
泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。 本示例中NGS流程基于医疗智能体(EIHealth)平台搭建,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 相关参数
%%a echo/ ) pause 图2 批处理文件说明 如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等,请参考上述批处理文件示例,将需要变更的数据补充完整。 .bat批处理文件需要和命令行工具放在同一路径下,同时,命令行工具需为登录状态。 NGS配置文件示例
药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选