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查询分子生成任务 功能介绍 通过分子生成任务ID查询分子生成任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/generation/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id
创建分子搜索作业 功能介绍 创建分子搜索作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
新建分子生成任务接口 功能介绍 输入分子属性约束,创建分子生成任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
新建分子优化任务接口 功能介绍 输入起始小分子以及属性约束,创建分子优化任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数
配置命令行工具 医疗智能体平台命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
CSS常见问题 如果子用户看不到“CSS资源列表”,需要授权子用户CSS权限。 如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。
什么是医疗智能体eihealth-toolkit 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
步骤2:获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
查看执行结果 分析作业的执行时间与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。您可以在“作业”页面查看执行结果或进行操作。提供了作业的执行状态的查看,并可对作业执行取消、删除、重试、克隆、导出操作。勾选多个作业,可以批量取消、批量删除、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
流程配置文件说明 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
管理用户 删除子用户 管理员用户包含子管理员,均具备删除权限。但子管理员不可将管理员删除。删除用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。
收藏夹 收藏夹用于收藏用户的任务结果,通过单击相应的作业名称跳转到作业详情页面,可以收藏大小分子,并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子,小分子通常为低分子量的化合物,如蛋白质配体;大分子多为蛋白质靶点。 小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索、FEP、聚类详情页。
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
项目成员和权限 盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
查询分子优化任务 功能介绍 通过分子优化任务ID查询分子优化任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/optimization/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一