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h平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚
云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 步骤2:安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相
详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
模型推理参数,预留参数接口,给需要调用的自部署模型用 # 请注意:您调用的第三方大模型API服务,其数据传输及处理可能涉及第三方服务器。本应用及平台不对第三方服务的内容、准确性、完整性及安全性承担任何责任。 # 请勿在使用过程中输入敏感、个人隐私或机密信息。使用本
北-北京四(cn-north-4)、华东-上海一(cn-east-3)。 --platform-id 是 平台ID,获取方法请参见步骤1:获取认证信息。 方法2:使用AK、SK初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。 Windows版命令行工具
化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基于基因组分析结果,可准确识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,在疫情防控、疾病诊治、药物筛选、疫苗设计与药物研发等工作中发挥着不可替代的基础性的作用;也将支撑病毒溯源、变异进化、致病机理等研究工作。华为云联合多家
应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少
在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传
支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面风格更新,新
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传数据,支持上传最大为1GB,最多20个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 父主题:
医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
开启公共读权限 开启公共授权,则数据全网可见,所有用户均可访问。 配置公共读可参考配置标准桶策略,将桶策略设置为“公共读”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接,不支持读取其他用户公共读的链接。 上传待检测的图片 请参见OBS文档上传对象。 获取图片URL 请参见OBS文档获取对象URL。
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1 # 返回结果如下
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1 # 返回结果如下
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 启动作业时,如果包含不存在的计算节点标签,回显类似下图,请先添加计算节点标签。 计算节点标签添加方法:在平台右上角单击用户名,选择“系统资源 > 计算资源”,在计算节点的操作列单击“更多
场景3 作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 排查思路、解决方法请参考查看执行结果章节的说明。 场景4 参数配置的不合理导致的作业执行失败。 解决方法 选择运行失败的分析作业,单击操作列“更多>重试”。 在弹出的提示框中选择“更改参数”。 图6 更改参数
quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get quota # 执行成功返回结果如下 Name Used