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是 子账号名。若是主账号则user-name与domain-name相同。 --password 是 密码。 --region 是 服务区域名称。请依据实际购买平台的区域填写。当前支持华北-北京四(cn-north-4)、华东-上海一(cn-east-3)。 --platform-id
health命令设置执行权限。 初始化配置。 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息。执行health config add命令配置AK/SK,区域名称,华为云项目ID信息,获取方法请参见获取认证信息。 命令结构 health config add [flags] 表1 参数说明 参数 简写
扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
选择AI引擎“Python 3” 编写文件 新建文件后,自动进入文件编写页面,您也可以单击文件名称进入。 图3 编写文件 表1 编写文件页面介绍 区域 区域名称 详细说明 1 文件名称 您可以在此区域填写自定义的文件名称,修改保存后,对应的File列表也将发生变化。 2 菜单栏 菜单栏中有Fil
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
步骤2:安装eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:上传数据 步骤5:下载数据 清理历史命令 前提条件 获取认证信息(AK/SK,区域名称,平台ID)。 步骤1:下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1
状态码: 200 表3 响应Header参数 参数 参数类型 描述 X-Resource-Mappings String 业务id与资源id的映射关系 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 总数 resources Array of DatabaseResourceRsp
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示: 步骤1:安装容器引擎 步骤2:获取Notebook基础镜像
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
正常退出return 0,此时判定为子任务已正确执行。 实际上作业的子任务对应的就是K8S中的一个Pod,其返回状态就是Pod的phase映射,即容器以非0状态退出或者被系统终止会算作失败;容器return 0并且不再重启即算成功。详细内容介绍请参见Pod的生命周期。 处理建议
数据管理 如何获取AK/SK 几种不同类型的归档,区别是什么
账号 如何进行实名认证
3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么?如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像? 更多 远程登录 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1:对应用进行分析
传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。