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图解医疗智能体 AI药物研究 AI基因组研究
数据，请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。
请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传数据，支持上传最大为1GB，最多20个文件。
health switch project eihealth-user-project 使用命令行工具上传镜像到EIHealth平台。 使用health docker tag命令给要上传的镜像打标签。 health docker tag biocontainers/fastqc:v0
并重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径
为首字母排序，文件可按照时间顺序排序，但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹，并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。 在添加数据页面，上传待分析数据。 数据上传成功后，单击“确定”。 上传文件大小不能超过1GB。最多不能超过20个文件。 复制数据 将其
gpu_type: '' gpu: '0' io_acc_type: SFS 上传并运行作业。 单击“上传作业”，在弹出的页面中上传yaml模板，上传成功后，即可运行作业。 父主题： 作业管理
可自定义。 详细镜像制作过程请参见制作Docker镜像和Dockerfile参考。 上传镜像。 上传镜像。 在“项目管理”页面“镜像”页签中，可查看已上传的镜像。 在平台镜像管理列表中，将已上传的镜像分类为“NOTEBOOK”。 步骤4：创建并使用Notebook 在医疗智能体平台选择“项目管理
平台也提供了yaml格式的数据库模板，您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用，数据库模板支持yaml或yml格式，且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”，单击“下载示例文件”下载数据库模板示例，编辑后上传模板文件至平台，单击“确定”。 图2 上传模板 模板示例如下： database:
push user-tutorials/fastqc:latest –t APP 上传成功后，可以转至平台查看已经上传的镜像。 步骤3：创建fastqc应用 上一步骤中，已经将fastqc镜像上传至平台，本步骤使用fastqc镜像创建应用。 进入“工具 > 应用”界面。 图2 进入应用界面
项目是盘古辅助制药平台的一个工作空间，可以在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中，并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目，并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中，展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项目信息中提供了项目设置，成员管理，数据审计，您可以通过如下方式查看。
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图，若不提供配体文件，则受体文件中必须包含配体；若提供配体文件，则受体中的配体（若有）则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法：可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tan
配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 数据上传完成后，在流程设计器页面，分别单击应用参数左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步 删除分段上传任务 修改权限 查看对象属性
文件创建成功后，将直接呈现Console页面。 图6 新建文件（Console） 上传文件 进入JupyterLab页面后，您可以单击左上角“Upload”快捷键，从本地选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或
查询配体相似性图计算任务 功能介绍 查询配体相似性图计算任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
创建配体相似性图计算任务 功能介绍 创建配体相似性图计算任务。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph 表1 路径参数
删除配体相似性图计算任务 功能介绍 删除配体相似性图计算任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
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