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受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
health upload D:\local\data\xxx.R1.fastq.gz /input-data/ 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
memory: 10G gpu_type: '' gpu: '0' ... 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
Reads比对到参考基因组上,同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件,通过GATK4做Variant Calling,输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制,输出变异数目,变异类型统计等指标。
搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件(gatk4)生成的变异文件(vcf file)。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
Service(对象存储服务),提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全,服务无法直接获取到用户数据,需要用户开启OBS的公共读授权。
参数名称:html-file 数据类型:File 必传:是 默认值:/gatk4-VariantQC.html 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。
以提高并行运行效率,镜像制作方法请参见制作gatk-haplotypecaller镜像。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 gatk-mergevcfs:4.1.9.0 docker pull broadinstitute/gatk:4.1.9.0
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
Notebook常用操作 打开Notebook 首次打开Notebook之前,请先获取url,然后访问url。 然后单击“高级 > 继续前往xxxx(不安全)”,页面显示“403 : Forbidden”,然后返回Notebook列表页面。 请不要使用无痕浏览器访问。 返回平台操作界面,在No
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
限管理的基础服务,可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务(OBS) 对象存储服务(Object Storage Service,简称OBS)是一个基于对象的海量存储服务,为客户提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力。
不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,
"data" : "xxxxxxx" } } 响应示例 状态码: 200 口袋检测成功响应。 { "result" : 0.9 } 状态码 状态码 描述 200 口袋检测成功响应。 错误码 请参见错误码。 父主题: 药物通用接口