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查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称，查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称，以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称，数值为结合能的大小，结合能越小，颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序，结合能越小代表配体和受体结合越稳定
url获取方法 在Notebook列表页面，按F12键打开，切换至Network页签。 单击页面右侧按钮，在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”，右侧展开代码行，在“url”行获取url链接，如下图所示。 图1 获取url
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程，您可以使用分类标签功能，筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧，单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中，输入“名称”，勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法，请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理
作业配置文件说明 流程创建完成后，可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台，运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业，运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
为什么下载的部分靶点文件，显示不完整 由于molstar插件自身问题，部分靶点文件中存在REMARK行，会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。 但是下载该靶点文件后，使用通用工具Mol 3D Viewer
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何通过循环读取输入数据
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用
消息中心 消息中心用于所有用户的异步任务场景下的事件处理通知和系统通知，如项目删除、数据删除、数据导入、流程执行完成等，给予状态通知。 单击平台右上角图标，在弹出的“消息中心”中查看异步任务的操作记录和系统通知。 系统通知 在系统通知页签，可以查看系统通知的内容、时间。单击某个消息
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前，请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板，模板中数据库表列的数目为固定，行数可按需设置，不同列之间，可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列，最多支持
方式1：使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据
购买CSS资源 登录CSS云搜索服务。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置：选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”，输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格：参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs
分子对接 分子对接基于华为云大算力，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算对接结合能，实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题
方式2：使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程，并运行作业。以二代基因组分析流程：fastp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装，将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用
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