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D结构、下游分析(分子优化及合成路径分析)、与原始分子属性对比(仅支持片段优化的属性对比)、查看分子与靶点的2D相互作用、下载2D相互作用图片,下载3D分子结构、收藏结果等多项功能。 支持按照相互作用力进行高级筛选,单击进行条件配置。 可以以列表的形式查看口袋分子的作业,单击“下
登录盘古辅助制药平台,选择“AI模型”。 图1 AI模型 单击“创建模型”,设置相关参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 模型名称。 长度为5-32个字符,首位需以英文字母开头,仅可以使用字母、数字、下划线“_”和中划线“-”和空格。 描述 设置模型的描述信息。 基模型 设置基模型,基模型与分子描述符有关。选择不同的基模型,分子描述符不一样。
resource_name 是 String 收藏的资源名称,正则匹配中文,英文字母和数字及下划线。 最小长度:1 最大长度:128 resource_type 是 String 收藏的资源类型,正则匹配英文字母和数字及下划线。 最小长度:1 最大长度:128 display_info
创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。 图1 创建数据库 名称:数据库名称。长度为5-32个字符,首位需小写英文字母开头,仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。最终租户下的所有用户数据库名称不能重名,可以和官方数据库名称重名,不区分大小
分子对接结果pdbqt文件所在的文件夹。 输出参数 dir-out directory 分子对接结果汇总信息(矩阵.xlsx、3D可视化文件.pdb、配体及受体结构图片.svg等)所在的文件夹。 参数填写无误后,单击界面上方“启动作业”,运行作业。 步骤4:查看执行结果 在“项目管理”页面选择“作业”页签,单击创建的Docking
docker镜像地址 取值范围[5-255],不能包含中文字符 最小长度:5 最大长度:255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300],单个命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符 最小长度:0 最大长度:256 数组长度:1
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
docker镜像地址 取值范围[5-255],不能包含中文字符 最小长度:5 最大长度:255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300],单个命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符 最小长度:0 最大长度:256 数组长度:1
core和similarity。 查看属性:查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图:查看配体中分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。 下游分析:分子优化对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径,如果分子设置了靶点,可以选择自由能微扰进行下游分析,单击“确定”即可创建。
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
查看详情:可以查看每个分子的属性信息和score。 查看属性:查看每个分子的基本属性。 查看2D相互作用图:查看靶点和分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。 下游分析:分子生成对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径规划,如果分子设置了靶点,可以选择自由能微扰进行下游分析,单击“确定”即可创建。
请求消息体通常以结构化格式发出,与请求消息头中Content-type对应,传递除请求消息头之外的内容。如果请求消息体中参数支持中文,则中文字符必须为UTF-8编码。 每个接口的请求消息体内容不同,也并不是每个接口都需要有请求消息体(或者说消息体为空),GET、DELETE操作类
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 数据库名称,长度为5-32个字符,首位需以小写英文字母开头,仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。 最小长度:5 最大长度:32 description 否 String 数据库描述。
您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程 服务声明 医疗智能体服务声明,将为您介绍在使用华为云医疗智能体服务时所享有的权利、履行的义务和责任。
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
表5 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
邮箱设置 设置消息发送邮箱 通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址
预计结束时间,毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了对样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒的快速检测,并在线分析各种病毒的相对载量。 抗病毒药物研发 计算机辅助药物筛选根据病毒靶点和小分子药物的3D结构,计算病毒蛋白与药物之间的结合能量,实现从成