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基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能，通过获取示例数据，创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
使用docker push命令将镜像上传至EIHealth平台。 # –t APP 可不加，在平台上也可以对其进行设置 health docker push user-tutorials/fastqc:latest –t APP 上传成功后，可以转至平台查看已经上传的镜像。 步骤3：创建fastqc应用
、临床研究三个领域提供专业AI研发平台。 产品介绍 用户指南 仅两个按钮时选用 立即使用 成长地图 由浅入深，带您玩转EIHealth 01 了解 医疗智能体（EIHealth）面向基因组分析、药物研发、临床研究三个领域，提供专业的AI研发平台，让科研过程标准化、可执行。 产品介绍
{ "region_id": "aaa", //假设区域名称是“aaa” ...... 当接口调用出错时，会返回错误码及错误信息说明，错误响应的Body体格式如下所示 { "error_msg":
用户指南（盘古辅助制药） 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 相关参数
计费 平台计费方式 保留期与欠费 话单延迟导致欠费 不同类型的归档，费用分别是多少？
附录 状态码 错误码（医疗智能体与盘古辅助制药平台） 错误码（AI辅助药物设计） 获取项目ID 配置OBS访问权限
ix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像，依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像，您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务，参考步骤1
若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页，找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。 单击操作列的“更多
引用OBS类型数据时，如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”，则将该数据引用过来后，该数据不能用于创建作业，并不可下载。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。
或上传的配体所占空间及相应Padding空间扩展值确定口袋的中心及大小。 选择残基 选择残基方式由用户点选多个平台识别到的残基定义口袋的位置。 自动预测 自动预测通过平台内置的蛋白口袋预测算法为用户提供多个可选择的口袋位置。 自定义 自定义则由用户通过指定口袋的中心位置及大小确定口袋位置。
mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示，请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具，使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。
并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。
请求URI 参数 说明 URI-scheme 传输请求的协议，当前所有API均采用HTTPS协议。 Endpoint 承载REST服务端点的服务器域名或IP，不同服务在不同区域时，对应Endpoint不同，可以从终端节点中获取。 例如EIHealth服务在“华北-北京四”区域的Endpoint为“eihealth
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格
创建应用 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 应用”页签，单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径，支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时，与EIHealth平台数据导入功能对应，即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径，只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名，复制文件时该参数可选。
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