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分子优化(MO) 新建分子优化任务接口 查询分子优化任务 父主题: API(AI辅助药物设计)
相关参数 分子优化的具体参数,请参考相关参数。 父主题: 先导化合物优化
查询分子优化任务 功能介绍 通过分子优化任务ID查询分子优化任务状态及结果。
新建分子优化任务接口 功能介绍 输入起始小分子以及属性约束,创建分子优化任务。
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。
创建分子优化作业 功能介绍 创建分子优化作业。
查询分子优化作业详情 功能介绍 查询分子优化作业详情。
创建靶点优化作业 功能介绍 创建靶点优化作业。
查询靶点优化作业详情 功能介绍 查询靶点优化作业详情。
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题: 功能模块
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
靶点优化作业管理 创建靶点优化作业 查询靶点优化作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
父主题: 先导化合物优化
图3 查看运行结果(2) 父主题: 先导化合物优化
图10 查看结果(5) 父主题: 先导化合物优化
先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。 父主题: 盘古辅助药物
创建属性模型是基于自定义数据,对盘古药物分子大模型进行微调,进行属性预测和迭代活性优化,实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据,对盘古药物分子大模型进行增量预训练,提升化合物表征精度。 登录盘古辅助制药平台,选择“AI模型”。
作业管理简介 在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。
华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。