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编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(app-id),使用命令行工具创建应用时生成。示例请参见创建应用命令示例。 应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproject),srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。例如GATK:4
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
模板管理 从其他项目导入模板 上传模板 查询模板列表 创建模板 查询模板详情 删除模板 父主题: 数据库管理
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
参数类型 描述 apps Array of AppListDto objects 应用列表 count Integer 应用总条数 表5 AppListDto 参数 参数类型 描述 id String 应用id name String 应用名称 version String 应用版本 summary
Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表9 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version
应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。 获取应用模板 使用health get app -s命令获取创建应用的模板,复制模板并保存到本地,您可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHeal
项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 template_id 是 String 模板id 最小长度:1 最大长度:128
统计应用、流程、作业数目 功能介绍 统计应用、流程、作业数目 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
应用场景 靶点发现 在靶点发现阶段,我们提供蛋白质结构预测、靶点口袋发现功能。 苗头化合物发现 在苗头化合物发现阶段,我们提供分子对接、口袋分子设计,分子属性预测功能,在分子对接中,我们预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子
下载应用或流程 在“工具”页面选择“流程”或“应用”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“下载”。 图1 下载应用 下载内容不包含应用和流程的id,所有引用关系通过名称和版本来指定。 父主题: 工具管理
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 template_id 是 String 模板id 最小长度:1 最大长度:128
为0。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用和作业都配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
ct_id}/templates/upload 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 项目ID
您可以使用该工具查看、上传、下载、复制、导入、引入、创建和删除项目中的数据,创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述