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上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
使用update命令更新当前项目中的某个镜像仓库的描述信息或者类型。 命令结构 health docker update <project-name/image-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 要更新的镜像的源项目名称,不填写时默认为当前所在的项目。
列的名称不可以和PostgreSQL 11版本的关键字冲突。 是否主键 主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过设置复合主键将数据表中的多个数据设置为唯一,主键至多设置10个。 允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时,可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息,给出数据库
用于让作业调度到设置了该标签的节点上。如果所有节点都不满足该标签,则调度失败。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,名称必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --io-acc-tasks -s 否 设定任务的I/O加速类型
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。
每个分子卡片上会展示相应分子序号与对应的参数QED、SaScore QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 聚类分析 目前分子属性预测返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两
使用edit或update命令修改应用的内容,应用的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit app ID [flags] # edit和update作用相同 health update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(
项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如下,例如EIHealth部署的区域为"cn-north-
引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。 图2 查看运行结果(1) 单击查看路径,查看输出结果详情。 可以单击左上角“下载”,下载当前的输出结果。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。
保存条数,范围:10000-10000000。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 修改消息的保留数目 health edit retention message --number 10000 #
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1.8”。 在新建的Notobook中,在代码输入栏输入如下命令。 !pip install
对于由多个应用构成的分析作业,通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色:运行成功。 红色:运行失败。 蓝色:等待运行。 灰色:被取消运行。 蓝色圆圈:运行中。 作业运行的时间,可以通过“概述”列的进度条进行查看。进度条中的颜色与应用状态颜色对应。单击进度条中的颜色块,可以展开并查
目成员具备相应的权限,不同类型成员所拥有的权限请参见成员角色和权限。 冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息,支持模糊查找。 --type -t 否 查询某个类型的镜像,可选APP、NOTEBOOK、OTHER。
--project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 创建SYSTEM镜像类型的notebook health create notebook
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。