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请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时,流程中的每一个应用称之为一个任务(Task),通过循环读取Task的输入数据,可以实现作业的批量执行。 例如,您可以在本地创建.bat格式的批处理文件,执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
管理员用户包含子管理员,均具备删除权限。但子管理员不可将管理员删除。删除用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。 图1
project test命令进入到名为test的项目中。 下载项目中的数据至本地。 下载项目中src/abc.txt文件到本地的data路径中。 health download /src/abc.txt D:\local\data 下载项目中的abc.txt文件到本地,重命名为abc1.txt。
String 资源地址(支持https、obs地址) 最小长度:1 最大长度:2000 range_start 否 Long 指定下载对象的开始位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807 range_end 否 Long 指定下载对象的结束位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807
导入流程 导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中,流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程
/v1/{project_id}/nextflow/engines 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。 系统管理 系统管理 系统设置、系统资源、用户管理、消息中心、标签等相关操作API。 镜像管理 标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。
获取用户OBS桶列表 功能介绍 获取用户OBS桶列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/customer-buckets
版本:2.23.3 镜像和启动命令 镜像:qualimap-bamqc:2.0.0 启动命令: qualimap bamqc -bam ${bam-file} -outdir ${out-dir} -nt 8 --java-mem-size=80G 镜像:picard-insertsize:2
的结果。 该匹配模式作用于对象全路径(含从根路径开始的对象前缀和对象名,例如,桶内对象路径为obs://bucket/src1/src2/test.txt,则对象的全路径为src1/src2/test.txt)。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。 支持指定多个include参数,如--include
种方式。 下载:关闭下载后,项目内数据不允许下载至本地。 删除:关闭删除后,项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以
zip,大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个,单个文件解压后限制,不超过10M。 如果上传的流程中包含镜像,单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表,进行镜像上传,具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后,单击“下一步”,配置流程参数。 添加参数方式支持两种,一种为单
增量移动操作,设置该参数后,移动每个源对象时会对比目标桶中对应路径的目标对象,仅在目标对象不存在,或者目标对象大小与源对象大小不一致,或者目标对象的最后修改时间早于源对象的最后修改时间时进行移动。 如果目标对象与源对象大小以及修改时间都一致,此时会直接删除源对象,而不进行移动操作。 --parallel
Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口
Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口
Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 您在使用命令行工具时,需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理。 表2 盘古辅助制药平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理
获取作业事件 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/events 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
相关信息获取方式如下: 使用华为云账号登录后,在右上角账号下选择“我的凭证”。 在API凭证中可以查看相关信息。 购买服务 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择。 关于计费模式的详细介绍,请参见计费说明。 登录华为云管理控制台,在左侧服务列表中选择“人工智能