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此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。 输出小分子表征:是否输出小分子表征文件,小分子表征文件可以用作训练模型使用,默认是不输出。 作业名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中
it/complex-combine 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1
此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列表中
页面显示:正在规划自动路径,您也可以直接选择配体对后进行下一步。 待计算路径:选择待计算的路径。待计算路径起点是中心配体名称,终点是其他配体的名称。在相似度计算完成之前默认未勾选。您也可以添加路径或者重置路径。添加路径和重置路径可以通过单击右边的“添加路径”或者“重置”进行操作。添加路径也可以在左侧微扰
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板
的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定。 单击结合能数值,可查看详细对接结果。 第1部分描述了蛋白质与配体小分子的结
管理数据库 管理数据库 数据库创建完成后,您可以对数据库内的数据执行编辑、删除、新增行操作。预制数据库和引用数据库不支持编辑、删除、新增行操作。 编辑 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”,修改数据。
移除。 成员角色和权限 在项目中,成员可以划分为5种不同的角色。详细角色介绍请参考表 项目成员角色。 表1 项目成员角色 角色 说明 创建者 拥有项目全部操作:成员导入、转移项目、删除项目等。 管理员 除了不能转移项目、删除项目,其他都可以比如导入成员。 操作员 不能转移项目、删除项目、导入成员,其他都可以。
一次最多可以选10个模型属性。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行成功后功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。
类型:参数类型,此参数为必填项。取值范围:Other、 File、Directory。如果类型选择Other时,可以单击值旁边的按钮进行输入。如果选择File或者Directory类型,可以单击值旁边的按钮,选择文件或者文件夹。 值:根据参数类型,填写或者选择相关取值。 必传:参数是否必传,
如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。 如果需要下载多个结果,可以选择结果后,单击左上角的“下载”
MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的模型做分析。 默认为关闭。 单击“确定”。 每人最多可以创建100个模型,每次使用模型时,最多可以使用10个。 查看模型列表 在AI模型页签下支持查看创建的所有模型。包括模型的名称、模
本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。
受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为
体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。
Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码,您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。 以“pbmc_res_vae.ipynb”为例,用户可以打开相应的代码集,直接运行该Notebook,也可以调整代码集中的代码,进行二次开发。 图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维
若子任务正常创建,但是实例未正常创建,可以通过事件信息分析,常见有以下问题场景和对应解决方案。 0/4 nodes are available: XXX Insufficient cpu 或者 XXX Insufficient memory。该场景表示当前集群中无充足的计算资源,可以根据实际需要提前结
个成员。 成员角色和权限 在项目中,成员可以划分为5种不同的角色。详细角色介绍请参考表 项目成员角色,详细角色权限请参考表 角色权限。 表1 项目成员角色 角色 说明 所有者 项目所有者具备该项目完整的权限,所有者允许删除项目。同时,可以将项目转移给其他用户。 管理员 项目管理员
适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问(平均一年访问一次)数据的业务场景,例如:数据归档、长期备份等场景。归档存储安全、持久且成本极低,可以用来替代磁带库。为了保持成本低廉,数据取回时间可能长达数分钟到数小时不等。 归档数据的长期存储,存储单价更优惠。 父主题: 数据管理
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