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目前，NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。 本示例中NGS流程基于医疗智能体（EIHealth）平台搭建，流程以fastq格式数据作为输入，对碱基的质量信息进行评估，判断可靠程度，通过质控、比对、变异检测等步骤，最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。
终端节点不同，您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示，药物设计、临床研究的终端节点如表2所示，请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点（医疗智能体平台API） 区域名称 区域 终端节点（Endpoint） 协议类型 华北-北京四
标签管理 在平台右上角用户名中选择“标签管理”。 系统标签用于设置作业分类，可以在系统标签管理中添加、删除标签。 添加标签 在“标签管理”页面，单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中，输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务（OBS）存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分，从项目角度进行数据的管理，不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面，“数据”页签中，完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
在EIHealth平台，创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出，对于由多个应用搭建出来的流程，命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系，完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源，购买步骤参考购买资源，绑定具体操作如下： 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面，选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。
用户每次恢复归档数据，按照流量收取费用。 用户的归档存储类型的归档数据不足90天删除，需收取相应费用，费用参照OBS存储费用。 用户可将归档数据恢复到项目桶，恢复到项目桶后，平台不会进行删除（恢复到项目桶中的数据会正常收取标准存储的费用）。 在归档管理页面，可以在“归档天数”列查看已归档天数（从归档复制完成时间开始
管理用户 删除子用户 管理员用户包含子管理员，均具备删除权限。但子管理员不可将管理员删除。删除用户只能删除来源为本平台的用户，如果来源为IAM，则只支持移除。 在用户的操作列，单击“删除”，删除对应的用户。 图1 删除子用户 移除子用户 导入的用户，不支持删除，只支持移除。移除后
除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务，您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时，平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面，支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。
自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库，可以上传自己的数据构建自己的数据库，进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源，详情见资源中心 自定义数据库 返回主页，单击“自定义数据库”进入界面，单击页面左上角的“创建数据库”，并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
上传文件夹时，只上传该文件夹下的所有内容，上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作，设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件，仅在以下情况时上传数据： 文件不存在。 待上传文件大小不与平台文件大小一致。 文件的最后修改时间不一致。 --parallel -p 否 上传文件时，每个分段上
方式1：使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您
下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地，此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称，选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符，包含数字、小写字母、下划线、中划线，且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后，不支持修改名称。
Service（对象存储服务），提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力，可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储，以减少服务使用成本，降低服务的响应时长，提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全，服务无法直接获取到用户数据，需要用户开启OBS的公共读授权。
上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规划路径，选择参考配体后系统自动计算，用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“下一步”，选择配体对。 页面显示：正在
/v1/{project_id}/task/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户 token
--password 是 密码。 --region 是 服务区域名称。请依据实际购买平台的区域填写。当前支持华北-北京四（cn-north-4）、华东-上海一（cn-east-3）。 --platform-id 是 平台ID，获取方法请参见步骤1：获取认证信息。 方法2：使用AK、SK初始化
分子对接 分子对接基于华为云大算力，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算对接结合能，实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受
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