检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
分子对接 分子对接基于华为云大算力,可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算对接结合能,实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片,进入分子对接受体预处理页面,单击上传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。
最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式,您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证:通过Token认证通用请求。 AK/SK认证:通过AK(Access Key ID)/SK(Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时,需要使用同一个
构造请求 本节介绍REST API请求的组成,并以调用IAM服务的获取用户Token接口来说明如何调用API,该API获取用户的Token,Token可以用于调用其他API时鉴权。 您还可以通过这个视频教程了解如何构造请求调用API:https://bbs.huaweicloud.com
返回结果 请求发送以后,您会收到响应,包含:状态码、响应消息头和响应消息体。 状态码 状态码是一组从1xx到5xx的数字代码,状态码表示了请求响应的状态,完整的状态码列表请参见状态码。 对于获取用户Token接口,如果调用后返回状态码为“201”,则表示请求成功。 响应消息头 对应请求消息头
Dockerfile方式制作镜像常用命令示例: 本例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,制作centos镜像,并在镜像中放入图片文件。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。
图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 话单延迟导致欠费 当前华为云账单都会有一定的延迟计费,延迟时间在1小时左右,故需要提前预留1小时以上的费用来删除平台,以防欠费。 若您是利用优惠券购买平台,则需注意,欠费则不能用优惠券补充。
创建模型 功能介绍 创建模型。 URI POST /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
执行health config add命令配置AK/SK,区域名称,华为云项目ID信息,获取方法请参见获取认证信息。
创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务,支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表
受体预处理(Fasta格式) 功能介绍 受体预处理(Fasta格式),用于前端计算预期扣费次数 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/fasta-preprocess
取消收藏 功能介绍 取消收藏。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/favorites/{favorite_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况,华为云EI医疗智能体团队与华中科技大学同济医学院基础医学院、华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院、西安交通大学第一附属医院、中科院北京基因组研究所迅速成立联合团队,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模
CSS集群解绑 功能介绍 CSS集群解绑。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug/css-clusters/{css_cluster_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目
获取模型列表 功能介绍 获取模型列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query