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子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
分子生成结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图10,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。 图9 排序方式 单击每个分子卡片右上方的,可以选择“查看详情”、“查看3D”、“下游分析”、“下载3D”。 查看详情:单击查看详情,跳转至分子详情页进行查看。
项目成员和权限 盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式,建议您使用第一种,通过获取已经执行成功的NGS配置文件,并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建,并
您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细
ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:
成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选支持使用资产市场中预置的“Docking S
设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。
Calling Based On NGS 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序、表观遗传学等领域。
数据保护策略介绍请参见数据控制与数据审计。 图1 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。
购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。 生效时间 选择购买套餐包后的生效时间。目前支持支付完成后立即生效和指定生效时间两种方式。 如果支付时间晚于指定生效时间,资源包将在支付后立即生效。 套餐包购买成功后,不支持退订,不能抵扣已经产生的用量。 父主题: 准备工作
入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 父主题: EIHealth平台
your-job -n your-instance # 返回结果如下 { "kind": "Pod", "apiVersion": "v1", "metadata": { ... } 获取事件 health get task
创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据库和药物配体注释信息数据
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
户为root。 平台提供了必要的加固措施以保证容器安全、隔离性及数据安全,但由于容器技术本身的限制,仍可能存在容器逃逸等问题,进而导致越权访问。 为避免此类问题发生,请您确保上传镜像来源的合法性、有效性,禁止上传未知来源、恶意程序等非法镜像。 父主题: 镜像管理
查看运行结果。 输出每对配体的相对结合自由能、分子图、相似性等。也可以单击右边“查看轨迹”,下载运动轨迹。结果页面支持Pair和Ligand两种查看方式。 也可以下载输出结果文件包含小分子的基本信息和属性。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 图6 查看结果(1) 图7 查看结果(2)
对于“JOB_STATUS”类型的消息,可单击图标,跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知按照用户权限进行划分,只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。 父主题: 系统设置