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HPC断点续算计算方案 操作场景 在HPC领域很多应用本身是支持断点续算功能的，例如LAMMPS， GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持，如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例，介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令，安装FFTW软件。
在HPC集群上运行MPI应用 在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 在HPC集群上运行社区OpenMPI 在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题： 弹性云服务器场景典型应用
附录 常见问题 主要概念 父主题： 基于STAR-CCM+部署HPC集群
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题： 基于STAR-CCM+部署HPC集群
主要概念 RDMA RoCE 父主题： 附录
MPI安装 Platform MPI安装 PlatformMPI使用STAR-CCM+自带的，不需要安装。 OpenMPI安装（可选） 若使用STAR-CCM+自带的，可不用安装。 cd /root tar zxvf openmpi-4.0.1.tar.gz cd openmpi-4
在HPC集群上运行MPI应用（鲲鹏BMS场景） 该任务指导以CentOS 7.6的操作系统为例在集群上运行MPI应用。 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用MPICH 父主题： 裸金属服务器场景典型应用
常见问题 RoCE网络问题 STAR-CCM+启动相关问题 父主题： 附录
over Converged Ethernet (RoCE)是一种网络协议，允许应用通过以太网实现远程内存访问。目前RoCE有两个协议版本，v1和v2。其中RoCE v1是一种链路层协议，允许在同一个广播域下的任意两台主机直接访问。而RoCE v2是一种Internet层协议，即可以实
挂载共享目录 安装软件 yum install nfs-utils 挂载SFS Turbo 将SFS Turbo挂载到/opt/Siemens目录 mkdir /opt/Siemens # 在/etc/fstab中添加开启自动挂载 echo "192.168.0.15:/ /opt/Siemens
finiBand、iWARP。RDMA的实现方式主要分为InfiniBand和Ethernet两种传输网络。而在以太网上，又可以根据与以太网融合的协议栈的差异分为iWARP和RoCE(包括RoCEv1和RoCEv2)。其中，InfiniBand是最早实现RDMA的网络协议，被广泛应用到高性能计算中。
配置节点互信 配置节点互信免密登录 STAR-CCM+集群运行时候需要跨节点运行，推荐使用互信免密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如：ssh-copy-id
在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景） 该任务指导以CentOS7.3的OS为例在集群上运行MPI应用。 IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题： 裸金属服务器场景典型应用
通讯录安装 Udapl安装和测试 Udapl安装 cd /root wget https://linux.mellanox.com/public/repo/mlnx_ofed/4.1-1.0.2.0/SRPMS/dapl-2.1.10mlnx-OFED.3.4.2.1.0.41102
RoCE网络问题 dtest或rping打流测试网络双向不通问题 问题现象： dtest/rping打流测试网络双向不通问题：A机器作为Server端，B机器作为Client端，dtest/rping测试RoCE网络异常；调换A、B机器角色，B机器作为Server端，A机器作为C
创建HPC私有镜像 前提条件 创建镜像需选择ECS系统盘镜像。 需修改镜像属性才能在ECS创建界面的C6h规格中选择到相应的镜像。 镜像获取 请联系技术支持进行操作。 创建系统盘镜像 请使用镜像文件创建系统盘镜像，需注意镜像用途选择ECS系统盘镜像如图1，选择启动方式为UEFI图2，否则系统无法启动。
Cloud Server，ECS），容器（CCE&CCI），裸金属服务器（BMS）提供共享访问，能够弹性伸缩至320TB规模，具备高可用性和持久性，为海量的小文件、低延迟高IOPS型应用提供有力支持。 使用背景 STAR-CCM+运行需要提供一个集群中所有节点均可读取的算例输入文
STAR-CCM+部署HPC集群流程图 本文档介绍如何通过仿真软件STAR-CCM+部署HPC集群，流程如图1所示。 图1 基于STAR-CCM+部署HPC集群流程图 父主题： 基于STAR-CCM+部署HPC集群
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令，添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名，例如： 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令，添加hostfile文件。
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令，添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名，例如： 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令，添加hostfile文件。
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