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workflow: # 处理规则同app id: xxxx # 可选 # 流程唯一标识,由系统随机分配 # 处理规则同app name: xxxx # 必选 # workflow名称
使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据contig下发对应的任务,并依据不同任务,指定并行下发的任务数,以降低流程整体的运行时间。
析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,系统开始进行分析,同时显示“聚类分析中”。 图5 聚类分析 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图6 查看聚类结果 在聚
最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表9 NotebookStorage 参数 参数类型 描述 path String notebook存储路径 最小长度:1
建场景; # 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 display_name: '步骤1' # 流程的子任务展示名称,最大长度64
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为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,创建应用。 表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明