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获取流程列表 功能介绍 获取流程列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{
统计全局流程、作业信息 功能介绍 统计全局流程、作业信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/workflow-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
下载应用或流程 在“工具”页面选择“流程”或“应用”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“下载”。 图1 下载应用 下载内容不包含应用和流程的id,所有引用关系通过名称和版本来指定。 父主题: 工具管理
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
方式2:使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
方式1:使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
方式3:自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位,每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
获取性能加速资源上统计信息 功能介绍 获取性能加速资源上统计信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/performance-resources-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
图解医疗智能体 AI药物研究 AI基因组研究
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程,您可以使用分类标签功能,筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧,单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中,输入“名称”,勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
配置OBS访问权限 OBS服务 OBS全称Object Stroage Service(对象存储服务),提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。