检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
API(医疗智能体平台) 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口
Health提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建Notebook。 创建Notebook时,如果使用自定义镜像。该自定义镜像,需要基于EIHealth平台提供的基础镜像进行制作。 父主题: 镜像管理
lth”。 图3 购买EIHealth平台 根据实际需求选择计费方式。 图4 选择计费方式 区域:请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。不同区域云服务产品之间内网互不相通。 平台规格:选择“基因平台”或“药物平台”。 平台计费方式:选择“包年包月”或“按需”计费。
自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强:
配置命令行工具 医疗智能体平台命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中,并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应用由其前后顺序关系形成数据流,前序应用为后序应用提供输入。医疗智能体基因组分析平台为您提供了多种分析流程,帮助您快速完成分析任务。 Notebook Notebook是一个交互式应用程序,提供开发调试、代码运行、文档编写
邮箱设置 设置消息发送邮箱 通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址
态的计算节点,将无法在此节点运行作业。 通过“新建流程”时创建 在“工具”页面,单击“新建流程”,填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后,单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业 在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称
商标设置 通过设置商标您可以自定义平台Logo和标语。设置商标功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“设置商标”,设置平台Logo和标语。首次修改时,需同时修改商标和标题。 图1 设置商标 父主题: 系统设置
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 genomeagent镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 当您调用API时,如果遇到“APIGW”开头的错误码,请参见API网关错误码进行处理。 状态码 错误码 错误信息 处理措施 400 eihealth.01040001 Invalid template content. 检查模板内容是否符合格式要求。
发等工作中发挥着不可替代的基础性的作用;也将支撑病毒溯源、变异进化、致病机理等研究工作。华为云联合多家科研单位,推出基因组自动化鉴定云平台。该平台直接对接人体样本的RNA二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了对样本中可能存在的包括新型冠状病毒
面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。 应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运