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能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/eihealth-
EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
y:your-port”。 --swr-endpoint -t 是 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --iam-endpoint -m 是
数据库文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
获取认证信息(AK/SK,区域名称,平台ID)。 步骤1:下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
EIHealth终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否 日志
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
模型数据文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
1, "jobs" : [ { "id" : "78dfce53-0303-4b46-a2d9-4a067812b289", "workflow_job_id" : "78dfce53-0303-4b46-a2d9-4a067812b289", "name"
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。模板修改好后,再使用命令行工具上传模板,创建应用。 修改模板时,需填写镜像地址,获取方法请参见获取镜像地址。镜像制作和上传方法请参见镜像管理和创建FastQC应用样例。 # 详情说明可参考API文档中应用管理-创建应用 app:
停等操作。 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
下载类型(仅支持PRIVATE|PUBLIC) 枚举值: PRIVATE PUBLIC EXTRANET url 否 String 资源地址(支持https、obs地址) 最小长度:1 最大长度:2000 range_start 否 Long 指定下载对象的开始位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807