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source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据
--project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，Windows系统下需使用""括起来，Linux系统下需使用''括起来。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。
内置大量生物医疗领域标准分析流程，并结合华为特有的高性能云计算，多样性算力，大数据等技术加速计算过程。 支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询，提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome，深度融合人工智能技术，产生更加便捷、快速、准确、可解
omeagent_examples"), os.path.expanduser(f"~/work/{project_name}/genomeagent_examples"), dirs_exist_ok=True) os.chdir(os.path.expanduser(f"~/
yterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后，自动打开Launcher页面，如下图所示。您可以使用开源支持的所有功能，详细操作指导可参见JupyterLab官网文档。 图2 JupyterLab主页 新建并打开Notebook 进入Jupy
使用命令行工具下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地，此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 执行操作命令，获取项目信息。 执行health get project命令查询当前账号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下，需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。
IHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
满足不同开发者需求。 产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能： 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表，查询和修改消息及完成作业保留配置，也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、
id）启动作业时，必选。 --io-acc-id -c 否 IO加速实例id，为空则不开启IO加速，设置相应加速包id将会开启加速。实例id可参考“系统设置命令>获取系统资源”章节获取。当id设置为：auto_schedule，则会自动调度加速包，当id设置为local_disk，则开启本地盘加速。
Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时，需要使用同一个Token鉴权时，可以缓存起来，避免频繁调用。 Token在计算机系统中代表令牌（临时）的意思，拥有Token就代表拥有某种权限。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限。
业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序，用于代码的编写、调试、运行。创建Notebook时，您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时，您可以基于EIHealth提供的基础镜像包制作自定义镜像，并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开
了修改，最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号，需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令，例如： # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env &&
步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
像，并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物
步骤2：获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
•克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 可通过在“系统资源 > 计算资源”页面将计算节点的标签设置为copy-in，实现作业运行于指定的计算节点中。对于“不可调度”状态的计算节点，将无法在此节点运行作业。
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