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资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。
您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。
选择GPU资源时,需要您在购买平台时包含了GPU资源,并且需要应用支持GPU运行。选择D310+ARM时,需要应用支持ARM环境运行,并在创建应用时,镜像系统为ARM类系统。
个人资源配额 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。
在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。 图1 设置作业保留条数 设置消息保留条数 您可以在系统设置中设置消息最多保留条数。
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建流程过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见流程配置文件说明。
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见应用配置文件说明。
父主题: 盘古辅助制药平台
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
删除用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。
导入应用 导入应用是将隶属于其他项目的应用导入至本项目中,一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”,进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“导入应用名称
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
项目内所有成员 平台即将升级通知 平台即将升级至X.X.X版本。 所有人 平台已升级通知 平台已升级至X.X.X版本。 所有人 操作记录 在操作记录页签,您可以按照“操作类型”、“资源类型”、“操作用户”、“项目名称”和“状态”对消息进行筛查。
CSS集群管理 绑定CSS集群 获取CSS集群列表 获取最终租户CSS集群列表 测试CSS集群连接 CSS集群解绑 父主题: API(盘古辅助制药平台)
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题: 用户指南(基因平台)
图3 购买EIHealth平台 根据实际需求选择计费方式。 图4 选择计费方式 区域:请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。不同区域云服务产品之间内网互不相通。 平台规格:选择“基因平台”或“药物平台”。 平台计费方式:选择“包年包月”或“按需”计费。
padding参数生成可渲染的口袋文件内容 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构 单分子文件格式转换 创建分子或分子复合物批量下载任务 查询分子或分子复合物批量下载任务详情 受体预处理(Fasta格式) 单分子预对接 父主题: API(盘古辅助制药平台
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行,需要您先新建流程,再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述