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资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照FastQC的调用命令设置参数和镜像启动命令。 图1 FastQC命令
目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用命令行工具,用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如,使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。
如果上传的流程中包含镜像,单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表,进行镜像上传,具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后,单击“下一步”,配置流程参数。 添加参数方式支持两种,一种为单击进行添加,一种为单击进行添加。如果参数比较多,建议使用“上传参数”方式。 上传参数
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
Key):与访问密钥ID结合使用的密钥,对请求进行加密签名,可标识发送方,并防止请求被修改。 使用AK/SK认证时,您可以基于签名算法使用AK/SK对请求进行签名,也可以使用专门的签名SDK对请求进行签名。详细的签名方法和SDK使用方法请参见API签名指南。 签名SDK只提供签名功能,与服务提供的SDK不同,使用时请注意。
中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open Jup
数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创建流程、获取流程详情、删除流程等相关操作API。 作业管理 作业管理 启动作
SMljbebHbUntKTkKlWNeTLIkTWGc9bacj2BemMkXFuHDulhiqogACeJNK9mUdky7a9RSobsOCv1IvB6iZQrCt2MVonY1mep85lTVTCDeEE6kGtx6xLf4vOve6336+3j8QMJiisTthZMt
等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter Notebook使用文档。 支持的AI引擎 Notebook提供的AI引擎是Python 3,适配CPU/GPU芯片。 父主题: 开发环境(Notebook)
约束限制 当前Nextflow相关特性仅为公测版本,部分功能暂不支持,因此存在如下限制约束。 流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体(EIHealth)平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体e
购买CSS资源 登录CSS云搜索服务。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs
检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页,找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。 单击操作列的“更多 > 续费”,确定后进入续费页面。 选择续费时长,并支付费用,完成续费。
将不能进行资源访问,保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。 图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 父主题:
受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下
分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
HTTP请求方法 方法 说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的