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OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图
新建研究 参考表1，设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好，并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下，单击右上角“Open JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal
选择好文件后，通过设置数据的分隔符、跳过的行数来设置有效数据的起始位置。 常见的分隔符有“;”、“,”、“\t”，除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例，分隔符为制表符，创建数据库时，分隔符填写为“\t”，有效数据从第2行开始，跳过文件行数填写为1。 在本地编写.csv、.txt、
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数
上传数据是最常用的添加数据功能，但由于网页传输大文件时存在一定的限制，所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中，这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员，请参考用户指南中的项目成员和权限。
清理本地记录的上传文件 上传对象时，支持断点续传功能，本地因此可能会残留上传异常产生的文件，可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时，本地生成的断点目录。 命令示例
不同类型的归档，费用分别是多少 选择归档存储类别涉及以下三种计费： 归档类别数据的存储费用 恢复归档数据的流量费用 提前删除归档数据（不满90天）收取的费用 存储类型 存储空间（按需） 存储套餐包（1TB 1年） 数据取回（直读） 数据取回（加急/标准） 删除对象 标准存储 0.0990元/GB/月
几种不同类型的归档，区别是什么 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高，因而适用于有大量热点文件（平均一个月多次）或小文件（小于1MB），且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能，高可靠，高可用，频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问（平均一年访问一次）数据的业务场景，
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
项目创建成功后，不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”，创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限，同时项目可以分享给其他用户，并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制，同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health
在创建Notebook时，如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图2所示。
在使用Nextflow时，作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性，因此请排查参数值，或者选择的数据名称，或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题： Nextflow
4.1.9.0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 上传镜像 请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示，请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤，进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig，根据contig下发对应的任务，并依据不同任务，指定并行下发的任务数，以降低流程整体的运行时间。 流程执行信息 NGS流程由fastp、bwa-mem、
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数
开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。 生成后的小分子在满足强约束条件的基础上，会根据满足弱约束条件的权重总和以及与参考小分子的相似度来打分并进行排序。在初始化权重的基础上，每个约束所占的权重，会在每一轮的分子生成迭代中，根据所满足的约束来进行动态调
长。 图3 靶点设置 图4 Target1设置 图5 Target2设置 图6 靶点设置完成 通过“靶点设置”上传靶点，并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数，如果选择靶点设置，可以将对接活性作为一个约束条件进行分子优化。靶点1对应的约束条件是target1_binding_
才可以被移除。在用户的操作列，单击“移除”，移除对应的用户。 图2 移除子用户 安全设置 在用户管理页面，可以重置用户的邮箱、手机号和密码信息。在用户操作列，单击“安全设置”，重置用户的相关信息。 图3 重置用户信息 配额设置 您可以对用户管理中的某个用户设置配额。在用户操作列，单击“配额设置”，设置用户资源配额。
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