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文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BindSiteDto 参数 参数类型 描述 name String 靶点名称,只能设置为target1或者target2。 最小长度:1 最大长度:128 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在
产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能: 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除和转移项目,也可以添加、修改、移除项目成员角色。
-o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout -t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“genomeagent”镜像。 CPU 设置CPU为4.0核。 GPU 设置GPU为0。 内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
task-4-qvina-w:分子对接。 task-5-docking summary:汇总分子对接结果。 图3 数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败
文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BindSiteDto 参数 参数类型 描述 name String 靶点名称,只能设置为target1或者target2。 最小长度:1 最大长度:128 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件。
--obs-endpoint -o 否 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1
对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。
图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。 图5 设置输入、输出关系 若想修
选择IAM用户登录,填写账号名、IAM用户名、密码,登录平台。 账号名:与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 IAM用户名、密码:创建子用户时设置的用户名和密码。 图2 IAM用户登录界面 父主题: 用户管理
activate py37 conda install -n py37 pandas 安装完成后,返回Notebook,然后使用新软件包。 参考信息 如何修复 “conda: command not found”? 当terminal第二次打开时,环境变量将被清理,因此我们需要再次初始化Anaconda配置。
单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,
单击“新建应用”,创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir} ${input-file} 图4 设置CPU、内存、输入输出参数
--obs-endpoint -o 是 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1
登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 图1 设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以