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购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
一旦设置为核心项目,不可变为非核心项目,非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略 数据保护策略介绍请参见数据控制与数据审计。 图1 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他
#列出当前project的job的基本信息 #表示取3条数据,也就是取1-3 条数据 health get job -o 10 同 health get job -l 100 -o 10 #列出当前project的job的基本信息 #表示取100条数据,也就是取11-110 100 条数据 health get
最大长度:128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度:1 最大长度:128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024
系统管理 计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度:1 最大长度:8 url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。
表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
是否必选 参数类型 描述 source 是 String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度:1 最大长度:8 url 否 String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String
API(医疗智能体平台) 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口
算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需计费,计费详情请参考OBS流量费用中“公网流出流量 / 00:00-08:00(闲时)”和“公网流出流量 /
基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
another project. 检查引用数据库id是否为源项目的引用数据库。 400 eihealth.01040022 Data cannot be imported to a referenced database. 请选择非引用数据库进行数据导入。 400 eihealth.01040023
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
project命令查询当前账号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下,需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令时,需先使用switch命令进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致,进入项目,再对项目内的数据等内容进行操作。 命令行的参数缩写支持合并使用,例如,-r -s 可以写成-rs。
String 模型数据文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
设置内存大小。 取值范围:2~512,默认为2。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列
Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件,统计测序数据的Insert size的分布。
关键概念 盘古药物分子大模型 盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分