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议放到强约束条件设置里,因为弱约束不会做过滤。 如果进行了“靶点设置”,会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能,并将对接结合能作为约束条件进行分子生成。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件,也可以在操作列单击删除图标,删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。
时间步长:MD模拟的时间步长,范围支持0<时间步长≤5fs,默认是2fs。 温度:MD模拟的温度,范围支持0<温度≤1000K,默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy Minimization:能量最小化的步数,范围支持0<步数≤50000,默认是10000步。 NVT:等温等体步骤模
议放到强约束条件设置里,因为弱约束不会做过滤。 如果进行了“靶点设置”,会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能,并将对接结合能作为约束条件进行分子优化。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件,也可以在操作列单击删除图标,删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。
score分数。 similarity 靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度,计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。 score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top1分数。
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
镜像 如何搭建Docker环境? 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传?
分子生成(MG) 新建分子生成任务接口 查询分子生成任务 父主题: API(AI辅助药物设计)
自定义属性任务(MCP) 新建自定义属性任务接口 查询自定义属性任务 父主题: API(AI辅助药物设计)
用户管理 创建子用户 导入用户 管理用户 用户权限介绍 父主题: 系统设置
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 父主题: 功能模块
作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题: 功能模块
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
项目管理命令 获取项目 切换项目 创建项目 更新项目 删除项目 转移项目 添加项目成员角色 修改项目成员角色 移除项目成员的角色
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用