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图1 获取url 父主题: 开发环境(Notebook)
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。
export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 父主题: 开发环境(Notebook)
父主题: 开发环境(Notebook)
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。
操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。
登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。
操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。
登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。
当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。 图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 父主题: 计费
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。
图1 导入用户 导入的IAM子用户需要具有管理控制台访问方式。 导入用户时不能超出配额。如果超出配额,进行配额调整后,5分钟后生效。 以用户组的方式导入时,若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时,用户组里已经导入到平台的用户,不算统计个数。
您可以在项目的“设置”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。 图2 数据审计 父主题: 数据管理
需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照FastQC的调用命令设置参数和镜像启动命令。 图1 FastQC命令 父主题: 流程、作业
应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平台页面以简单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。
处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中:项目删除中。需先冻结项目,才能执行删除操作。删除的核心项目,将进入“待删除项目”列表中。
处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。 解冻:解冻项目。 转移:将项目转移给其他用户。
开发者 项目开发者可在项目内执行完整的操作,如Notebook、流程管理等,但无项目分享等权限。 上传者 项目数据上传者,可通过EIHealth平台或命令行工具上传数据。无法执行流程和Notebook等操作。 观看者 项目查看人员仅具备项目查看权限,无项目操作权限。
商用 项目管理 预置流程 数据管理 工具管理 分析作业管理 开发环境 2020年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台上线 基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。