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eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强： 单一可执行文件，方便拷贝与安装。 支持多操作系统，包括Windows、Linux和MacOS，满足不同开发者需求。 使用命令行工具执行数据操作的详细步骤如下所示，详细的命令行介绍请参见医疗智能体命令行工具。 步骤1：下载eihealth-toolkit
哪些文件； 最小长度：0 最大长度：64 values Array of strings 参数取值 如填写，只支持填一项，根据参数类型进行不同的校验 数组长度：0 - 128 enum Array of strings 枚举参数的取值列表，列表最大长度20，每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段
values: # 参数取值 如填写，只支持填一项，根据参数类型进行不同的校验 - 'gwj-test-01:/test' - name: 'input-enum'
创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制，不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据库和药物配体注释信息数据库，并
像。 Dockerfile方式制作镜像 如果后续镜像经常变更（例如某个软件更新版本），建议使用Dockerfile方式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像，则每次变更都需要执行操作命令，制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的方式用Dockerfile文件写出来，然后执行docker
哪些文件； 最小长度：0 最大长度：64 values Array of strings 参数取值 如填写，只支持填一项，根据参数类型进行不同的校验 数组长度：0 - 128 enum Array of strings 枚举参数的取值列表，列表最大长度20，每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段
在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时，如果“存储
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格
依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个参数可以设置多个参数值，自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
复制或者引用数据的时候，需审视是否存在隐私数据，请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数
保留期与欠费 套餐包到期后，如果账号欠费，会根据“客户等级”和“订购方式”定义不同的保留期时长，保留期内您将不能进行资源访问，保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值，数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态，且资源不再使用，您可以进入EIHealth控制
数进行了修改，最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号，需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令，例如： # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env
步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
步骤2：获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理，隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”，导入到本项目中，进行使用。 使用“镜像导入”功能，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称，进入所选项目，并选择“镜像”，进入镜像管理页面。 单击
而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型，因此不用自己去写复杂的并行化的程序，只
复制或者引用数据的时候，需审视是否存在隐私数据，请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”
创建作业 创建作业有以下几种不同的方式，您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面，选择对应的模块，单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面，配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建
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