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MILES为准。 选择算法：可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanimoto相似度是通过ECFP4指纹计算Tanimoto相似度来搜索相似度比较高的小分子。骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库：最多可选择10个数据库。
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
步骤5：获取分析结果 在“作业”列表中，可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径，可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览，zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题： 运行作业
同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现
用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限，并进行用户管理，在平台添加子用户，以及对资源管理权限，包含有存储计算资源的购买和删除，自动扩缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。 购买平台的账户为管理员账户，该账户不可被删除。
参数可选。 --arcDir -g 否 同步上传文件成功后的归档路径，上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的上传操作。 --link -k 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数，而待上传的文件是一个软
TEBOOK”。 APP：用于创建应用的镜像。 NOTEBOOK：用于创建Notebook的镜像。 为了保证平台业务安全，您在平台内购买的计算资源，将部署在独立的、专属资源池中。Notebook与流程作业均在此资源池运行，其中Notebook启动用户为health-user，流程作业默认启动用户为root。
2起。GPU类型选择“无”。 按需填写内存大小，单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小，建议至少1GB。计算节点标签可将作业运行于指定的资源节点上，标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明，了解命令。 图5 FastQC命令
上传对象时生成结果清单文件。 --arcDir -g 否 上传文件成功后的归档路径，上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的上传操作。 --link -K 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数，而待上传的文件是一个软
metric_name 是 String 查询的监控指标名称 resource_id 否 String 查询的监控资源对象id，当查询存储资源和计算节点资源中的集群监控数据时，不需要填写资源id 最小长度：1 最大长度：128 device_id 否 String 显卡id，仅查询裸金属节点的gpu监控时，需要指定
参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于项目中。同时，您也可以通过“导入流程”的方法，将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。
议放到强约束条件设置里，因为弱约束不会做过滤。 如果进行了“靶点设置”，会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能，并将对接结合能作为约束条件进行分子生成。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件，也可以在操作列单击删除图标，删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。
时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy Minimization：能量最小化的步数，范围支持0<步数≤50000，默认是10000步。 NVT：等温等体步骤模
String 实例执行状态 pod_ip String 实例IP host_ip String 实例所在节点IP host_name String 计算节点的名称 start_time String 实例创建时间 container_statuses Array of TaskInstan
议放到强约束条件设置里，因为弱约束不会做过滤。 如果进行了“靶点设置”，会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能，并将对接结合能作为约束条件进行分子优化。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件，也可以在操作列单击删除图标，删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。
score分数。 similarity 靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度，计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。 score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点，将会计算对接结合能，并按照Vina Score进行排序，Vina Score Top1分数。
app_resource TaskResourceDto object 应用资源 app_node_labels Array of strings 计算节点标签 表9 TaskResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu String cpu申请使用量，取值范围[0.1-128]，
local_disk，则开启本地盘加速。 node_labels: # 计算节点标签 标签个数取值范围[0-1],单个节点标签最大长度56个字符，以字母或数字开头，可以包含下划线(_)、中划线(-)、点(.)、字母和数字，且必须以字母或数字结尾
app_resource TaskResourceDto object 应用资源 app_node_labels Array of strings 计算节点标签 表10 TaskResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu String cpu申请使用量，取值范围[0.1-128]
制作业。 查看执行状态 您可以通过单击作业名称，进入详情页面，查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮，在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用；在作业的子任务中可以查看日志、事件
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