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和引用的对象。返回的查询结果中,引用的对象使用*标识。如果使用<project-name>:<path>方式列举,project-name必须是已经引用了的,要求path格式是绝对路径。如果path是文件夹,则后面要加/标识。当cd到其他项目路径时,如果要查看本项目内容,使用绝对路径即可,如:health
“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据
com/lh3/bwa.git cd bwa;make 请预先安装好Git,并检查本机是否有ssh key设置。 输入exit退出容器。 查询容器id。 docker ps -a 制作快照。 docker commit -m "xx" -a "tsj" container-id tsj/image:tag
-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process
查看对象属性 查看对象属性。 命令格式 health stat <obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意: 如果为引用数据,必须要使用绝对路径(文件夹最后要加/)。未引用的数据不能查看。 --bf -b
允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时,可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息,给出数据库中可进行查询的数据,可查询至多设置10个。 描述 当参数设置为可查询时,可以添加描述信息。 是否唯一 对数据表中的一个或多个数据设置唯一约束,保证该数据与
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称,查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定。
com/lh3/bwa.git cd bwa;make 请预先安装好Git,并检查本机是否有ssh key设置。 输入exit退出容器。 查询容器id。 docker ps -a 制作快照。 docker commit -m "xx" -a "tsj" container-id tsj/image:tag
归档id,不指定id表示获取归档列表,指定id表示获取归档详情。 --limit -l 否 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为10,取值范围[0,1000],获取归档列表时生效。 --offset -o 否 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000],获取归档列表时生效。
平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分
在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项目信息中提供了项目设置,成员管理,数据审计,您可以通过如下方式查看。 在平台左上角选择项目名称,单击,进入项目设置页面。 图2 查看项目信息 项目设置 在项目设置页面,可以查看项目名称,该项目的数据存储OBS桶名称。所有
t-database”和“ligandAnnotation-database”数据库查看数据库详情,在“模板”页签单击“shennongProject”和“ligandAnnotation”查看模板详情。 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 数据库呈现了新冠病毒靶点蛋白和药物的结合能
制作业。 查看执行状态 您可以通过单击作业名称,进入详情页面,查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件
查看执行结果 作业运行完成后,可以在“作业中心”页面,单击作业名称,查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
计算资源管理 购买计算资源 查询计算资源 删除计算资源 获取节点剩余配额 查询计算资源规格 关闭计算资源 重启计算资源 启动计算资源 修改计算资源调度信息 查询计算资源调度信息 查询bms计算资源显卡id列表 获取EVS配额及使用情况 父主题: 系统管理
用户管理 查询IAM用户列表 查询IAM用户组列表 查询IAM用户组的用户列表 导入用户 获取用户列表 创建用户 校验token 获取指定用户详情 修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置
缺省值:desc limit 否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000]。 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000]。
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题: Nextflow接口
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
模板管理 从其他项目导入模板 上传模板 查询模板列表 创建模板 查询模板详情 删除模板 父主题: 数据库管理