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表示执行更新某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --delete -d 否 表示执行删除某行操作。--update、--delete 、--insert必须要传其中一个,三选一。 --insert -i 否 表示执行插入数据行操作。--update、--delete
get-docker.sh 创建一个名为workdir的目录。 mkdir workdir 在该目录中创建一个Dockerfile文件。 cd ./workdir touch Dockerfile 在该目录中创建一个空白文件abc.txt,创建一个webapp目录。 touch abc
步骤2:安装eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:上传数据 步骤5:下载数据 清理历史命令 前提条件 获取认证信息(AK/SK,区域名称,平台ID)。 步骤1:下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1
径数量增加,将展示更多的合理合成路径;路径数量减少,可能会有部分合理路径未展示。默认值50,取值范围1-50。 最大搜索深度:深度增加,每一个路径可进行搜索的深度限制增加,作业运行时间可能延长;深度减少,部分路径可能在还未搜索完成时被终止。默认值5,取值范围3-12。 最大搜索时
在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相互结合,首先就需要两个分子充分接近,采取合适的取向,使两者在必要的部分相互契合,发生相互作用,继而通过适当的构象调整,得到一个稳定的复合物构象,通过分子对接确定复合物中的两个分子正确的相对位置和取向,研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程中的变化,是确定药物作用机制,设计新药的基础。
对接结合能作为一个约束条件进行分子生成,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数,如果选择靶点设置,可以将对接活性作为一个约束条件进行分子
很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平台页面以简单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。 步骤1:订阅应用 进入资产市场,分别订阅fasp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize应用。
未满足前提条件,服务器未满足请求者在请求中设置的其中一个前提条件。 413 Request Entity Too Large 由于请求的实体过大,服务器无法处理,因此拒绝请求。为防止客户端的连续请求,服务器可能会关闭连接。如果只是服务器暂时无法处理,则会包含一个Retry-After的响应信息。 414
依据模板中定义的列信息,给出数据库中可进行查询的数据,可查询至多设置10个。 描述 当参数设置为可查询时,可以添加描述信息。 是否唯一 对数据表中的一个或多个数据设置唯一约束,保证该数据与表中其他行数据不同,是否唯一至多设置10个。 图1 创建数据库模板 父主题: 数据库管理
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。 删除:运行中的
选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”,运行作业。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、P
GitHub获取:可以选择版本,目前支持选择的安装包版本v22.10.6,v22.10.0,v22.04.0。 上传安装包:用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式,您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。 图2 选择安装方式 单击“开始安装”。
tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
tOward Next GEneration)是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。 task间使用;;分隔,input的参数路径间使用;;分隔。 例如task1.input
已发布的数据不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的数据可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的数据可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的数据,若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。
以用户组的方式导入时,用户组里已经导入到平台的用户,不算统计个数。例如,用户组A里50个用户,10个已经导入平台, 那么统计时,只会显示已选择40个用户。 IAM平台限制一个IAM用户不能加入超过10个用户组,而导入时还会再加入医疗用户组。如果IAM用户在导入平台之前就已经加入了10个用户组,则导入的时候会失败。
请将该模板保存为.yaml格式至本地,并在本地完成模板修改。例如,命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时,流程中的每一个应用称之为一个任务(Task),通过循环读取Task的输入数据,可以实现作业的批量执行。 例如,您可以在本地创建.bat格式的批处理文件,执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。