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的专用Region。 可用区(AZ,Availability Zone) 一个AZ是一个或多个物理数据中心的集合,有独立的风火水电,AZ内逻辑上再将计算、网络、存储等资源划分成多个集群。一个Region中的多个AZ间通过高速光纤相连,以满足用户跨AZ构建高可用性系统的需求。 项目
支持标准存储单AZ包、归档存储包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。归档存储适合档案数据、医疗影像场景。详细可参考存储类别。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
配体格式转换为SMILES 功能介绍 配体格式转换为SMILES,若配体文件中存在多个分子,则只取第一个返回。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/smiles
参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。 生效时间 选择购买套餐包后的
标签:设置作业标签。 功能调用次数:合成路径规划目前是一个运行成功得作业消耗一次功能调用次数。 图1 分子合成路径 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 项目 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。
√ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 项目列表中只显示您所在的项目。 一个用户可以是多个项目的成员。 父主题: 项目管理
对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个
同时打开多个文件。 图8 多文件任意编排 当在一个Notebook中写代码时,如果需要实时同步编辑文件并查看执行结果,可以新建该文件的多个视图。 打开此文件,然后单击菜单栏“File>New View for Notebook”,即可打开多个视图。 图9 同一个文件的多个视图 父主题:
数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命
探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。 时间步长: 默认值为0.002ps,输入范围:0.001<dt<=0.002,单位:ps。分子动力学模拟的步长,建议不超过0
获取镜像 获取创建分析应用的镜像 创建分析应用时,您可以通过Docker Hub等镜像仓库,搜索引擎,自己制作等途径获取所需的镜像。 例如,可在Docker Hub获取bwa软件(用于将基因序列比对到参考基因组上)。 以下类型镜像,建议您通过Docker Hub获取,不建议自己制作。
单击“分子对接”功能卡片,进入分子对接受体预处理页面,单击上传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。
单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。 蛋白力场:蛋白质力场支持amber03
工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”
上传文件大小不能超过1GB。最多不能超过20个文件。 复制数据 将其他项目或本项目的数据,复制到本项目中,并可在本项目中操作该数据。 单击数据中心右上角“复制”。 选择需要复制的项目数据,选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 单击“确认”,复制其他项目中的数据至本项目。
色按钮来设置生长方向,即我们所生成的分子只会往我们所标记的方向生长。如果在一个Substructure约束条件里面添加多个官能团,则官能团之间的关系是“或”,即生成的分子满足其中一个官能团即可。如果添加多个Substructure约束,则官能团之间的关系是“和”,即生成的分子都会满足这几个官能团。
单击“分子属性预测”功能卡片,进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、P