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单击“新建应用”,创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir} ${input-file} 图4 设置CPU、内存、输入输出参数
图1 AI模型 单击“创建模型”,设置相关参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 模型名称。 长度为5-32个字符,首位需以英文字母开头,仅可以使用字母、数字、下划线“_”和中划线“-”和空格。 描述 设置模型的描述信息。 基模型 设置基模型,基模型与分子描述符有关。选择不同的基模型,分子描述符不一样。
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 响应参数 无 请求示例 更新药物作业,设置标签为label_A和lable_B。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-proje
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id
输入小分子:可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 参数设置后单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果。
流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。
-o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout -t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定
MITTED,UNKNOWN --workflowName -w 否 流程名。此参数用于获取作业列表。 --userName -u 否 用户名。此参数用于获取作业列表。 --createStartTime -c 否 最小创建时间,格式:YYYY-MM-DD HH:MM:SS。例子:"2006-01-02
点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无
最大值:50 check_interval 否 Integer 检查间隔 最小值:1 最大值:10080 响应参数 无 请求示例 更新缩容策略,设置空闲时间为2分钟,扩容后多久再次判断缩容时间为5分钟 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。 图5 设置输入、输出关系 若想修
项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
task-4-qvina-w:分子对接。 task-5-docking summary:汇总分子对接结果。 图3 数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败
最大长度:63 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 项目id 请求示例 创建项目,设置描述、名称、标签 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
离子种类,支持选择NaCl、MgCl2、None,若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值:NaCl ion_concentration 否 Float 离子浓度,单位mol/L,若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值:0 最大值:5.0 缺省值:0.15 表6