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fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀类型;对于DIRECTORY类型,提示目录下需要包含哪些文件; 最小长度:0 最大长度:64 values Array of strings 参数取值 如填写,只支持填一项,根据参数类型进行不同的校验
workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d
mplate详情。 --sample -s 否 显示示例yaml文件内容,以yaml格式打印到控制台,需要直接获取示例文件可使用Linux输出流重定向。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealt
8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置:输入管理员密码,公网访问选择“自动绑定”,单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步:高级配置”,在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6
fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀类型;对于DIRECTORY类型,提示目录下需要包含哪些文件; 最小长度:0 最大长度:64 values Array of strings 参数取值 如填写,只支持填一项,根据参数类型进行不同的校验
单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip,大
选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件(如HTML、TXT、Markdown等),以页签形式展示。 JupyterLab的一大优点是,可以任意排版多个文件。在右侧文件展示区,您可以拖动打开文件,随意调整文件展示位置,可以同时打开多个文件。
String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为用户私有数据中心为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1
批量删除分段上传任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultJobs。 批量删除分段上传任务时该参数可选。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果和失败结果两个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor
pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
project的项目中。 使用命令行工具,用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如,使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。 将本地数据上传至项目文件夹中。 例如,将Linux系统下root/health_test路径中xxx
计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构
通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
成“.health”文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。
a/目录进行归档,a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时,若包含禁止删除的文件或文件夹,并打开了删除原数据开关,则被设置为禁止删除的文件或文件夹会删除失败,其他文件或文件夹删除正常。 使用obsutil上传数据,必须加full
模板名称,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板名称。 --description -d 否 描述,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以
-e 否 常用的三种分隔符为(;,\t),也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表,多个文件用分号(;)分隔。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eih