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在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图 输出结果除了支持上图所示的列表视图外,还支持卡片式图和3D视图。 图2 输出结果-卡片视图 图3 输出结果-3D视图 作业信息 在作业中心页面,您可以单击具体的作业名称
单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。 时间步长:
聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件;文件大小不超过5G;小分子支持10-10,000个,超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子:可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。
填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包、归档存储包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。归档存储适合档案数据、医疗影像场景。详细可参考存储类别。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。
导入数据库模板 导入模板 提供两种模板导入方式: 平台支持导入其他项目的模板,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”,预置的模板不支持导入。 在左侧导航栏选择“模板”页签,单击“导入模板”。 导入方式选择“项目”,选择项目名称,勾选需要导入的模板,可以在“
含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。
设置消息清理规则 功能介绍 设置消息清理规则,支持修改记录数(1W-1000W) URI PUT /v1/{project_id}/messages/rules 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
导入数据库模板 使用import命令导入别的项目的数据库模板到当前项目,暂只支持导入单个模板。 命令结构 health import database template <template-id> [flags] 或者 health import db template <template-id>
显示当前目录 使用pwd命令显示当前所在的EIHealth项目中的目录。同时,该命令支持显示引用项目的目录。 命令结构 health pwd 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health
卸载Nextflow 功能介绍 卸载Nextflow 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/nextflow/engines/{id}
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务,支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表1
取消收藏 功能介绍 取消收藏 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/assets/{asset_id}/stars
设置作业配置 功能介绍 设置作业配置,目前支持修改作业保存条数(1万条-1000万条),默认设置为500万条; URI PUT /v1/{project_id}/system/job-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
清理Nextflow缓存 功能介绍 清理Nextflow缓存 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/nextflow/clean-cache
删除notebook 功能介绍 删除notebook 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth
清理本地记录的上传文件 上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。
收藏资产 功能介绍 收藏资产 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI PUT /v1/{project_id}/assets/{asset_id}/stars
插入单条数据 功能介绍 插入单条数据 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/